[日本語] English
万見
- PDB-3bt4: Crystal Structure Analysis of AmFPI-1, fungal protease inhibitor ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bt4
タイトルCrystal Structure Analysis of AmFPI-1, fungal protease inhibitor from Antheraea mylitta
要素Fungal protease inhibitor-1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Protease Inhibitor / Silkworm / Serine protease inhibitor
機能・相同性Lipase, subunit A - #20 / Fungal protease inhibitor-1 / : / Fungal protease inhibitor / Lipase, subunit A / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Ribbon / Mainly Beta / Fungal protease inhibitor-1
機能・相同性情報
生物種Antheraea mylitta (蝶・蛾)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roy, S. / Aravind, P. / Madhurantakam, C. / Ghosh, A.K. / Sankarananarayanan, R. / Das, A.K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a fungal protease inhibitor from Antheraea mylitta
著者: Roy, S. / Aravind, P. / Madhurantakam, C. / Ghosh, A.K. / Sankaranarayanan, R. / Das, A.K.
履歴
登録2007年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22015年12月9日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fungal protease inhibitor-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3872
ポリマ－9,2951
非ポリマー921
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Fungal protease inhibitor-1
ヘテロ分子

A: Fungal protease inhibitor-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7744
ポリマ－18,5902
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.580, 60.580, 85.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質 Fungal protease inhibitor-1 / AmFPI-1


分子量: 9294.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Hemolymph / 由来: (天然) Antheraea mylitta (蝶・蛾) / 参照: UniProt: B0JFB8
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.26 % / Mosaicity: 1.5 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Ammonium sulfate, bis-Tris, PEG3350, pH6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: mar345 dtb / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月1日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.8 % / Av σ(I) over netI: 7.7 / 数: 55028 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Χ2: 0.96 / D res high: 2.4 Å / D res low: 25 Å / Num. obs: 3996 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.162599.810.0911.53113.7
4.15.1610010.1081.38915.1
3.584.110010.1311.22215.4
3.263.5810010.1710.92815.1
3.023.2610010.2180.83915.3
2.843.0210010.2740.73515.1
2.72.8410010.4010.62714.6
2.592.710010.4820.66114
2.492.5910010.5970.62511.3
2.42.4998.910.690.6347.7
反射解像度: 2.1→25 Å / Num. obs: 5816 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 10.435 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.4 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 544 / Rsym value: 0.523 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.863 / SU B: 6.461 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29306 266 4.6 %RANDOM
Rwork0.24874 ---
obs0.25074 5531 99.49 %-
all-3009 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.45 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数627 0 6 102 735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022650
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.993884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.072584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71421.90521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66115108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.504156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.259
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7841.5438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.412694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6343232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5694.5190
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.099→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5 11 -
Rwork0.299 380 -
all-223 -
obs-215 95.6 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る