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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bs5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of hCNK2-SAM/dHYP-SAM Complex | ||||||
要素 |
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キーワード | Signaling PROTEIN/membrane protein / Sterile alpha motif (SAMドメイン) / SAM domain (SAMドメイン) / SAM domain dimer / SAM domain complex (SAMドメイン) / Cytoplasm (細胞質) / Membrane (生体膜) / Sensory transduction / Vision / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Coiled coil (コイルドコイル) / Phosphoprotein / Polymorphism / Signaling PROTEIN-membrane protein COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Phosphorylation of CI / compound eye cone cell differentiation / Phosphorylation of SMO / compound eye photoreceptor cell differentiation / Phosphorylation of PER and TIM / eye photoreceptor cell differentiation / extrinsic component of postsynaptic density membrane / postsynapse organization / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of signal transduction ...Phosphorylation of CI / compound eye cone cell differentiation / Phosphorylation of SMO / compound eye photoreceptor cell differentiation / Phosphorylation of PER and TIM / eye photoreceptor cell differentiation / extrinsic component of postsynaptic density membrane / postsynapse organization / positive regulation of Ras protein signal transduction / regulation of signal transduction / 視覚 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / scaffold protein binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intracellular signal transduction / neuronal cell body / glutamatergic synapse / protein kinase binding / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Rajakulendran, T. / Ceccarelli, D.F. / Kurinov, I. / Sicheri, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008 タイトル: CNK and HYP form a discrete dimer by their SAM domains to mediate RAF kinase signaling. 著者: Rajakulendran, T. / Sahmi, M. / Kurinov, I. / Tyers, M. / Therrien, M. / Sicheri, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bs5.cif.gz | 44 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bs5.ent.gz | 34 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bs5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/3bs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bs/3bs5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12991.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: ave / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ML92 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9333.226 Da / 分子数: 1 / Fragment: SAM domain, UNP residues 5-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNKSR2, CNK2, KIAA0902, KSR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8WXI2 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 18% PEG 2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月25日 |
放射 | モノクロメーター: Two independent arrays of pairs of vertical and horizontal slit blade pairs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 15908 / Num. obs: 15619 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.06 Å / % possible all: 97.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 3.228 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.149 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.055 Å / Total num. of bins used: 20
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