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- PDB-3brb: Crystal structure of catalytic domain of the proto-oncogene tyros... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3brb
タイトルCrystal structure of catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with ADP
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / DISEASE MUTATION / GLYCOPROTEIN / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / PROTO-ONCOGENE / RECEPTOR / RETINITIS PIGMENTOSA / SENSORY TRANSDUCTION / TYROSINE-PROTEIN KINASE / VISION / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Immunoglobulin domain / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Immunoglobulin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Walker, J.R. / Huang, X. / Finerty Jr, P.J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the inhibited states of the Mer receptor tyrosine kinase.
著者: Huang, X. / Finerty, P. / Walker, J.R. / Butler-Cole, C. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Parker, S.A. / Turk, B.E. / Thompson, D.A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,95112
ポリマ－71,7792
非ポリマー1,17210
水4,179232
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5046
ポリマ－35,8891
非ポリマー6155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4476
ポリマ－35,8891
非ポリマー5585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.385, 89.880, 69.537
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER / C-mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic domain: Residues 574-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Peripheral blood leukocyte / 遺伝子: MERTK, MER / プラスミド: pET28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 242分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.67 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MER protein (38 mg/mL) was pre-incubated with 2.5 mM ATP and 10 mM MgCl2 for 3 hours at room temperature. Crystals were obtained at 290K against 29% PEG 400, 0.2M MgCl2, and 0.1 M Tris-HCl pH ...詳細: MER protein (38 mg/mL) was pre-incubated with 2.5 mM ATP and 10 mM MgCl2 for 3 hours at room temperature. Crystals were obtained at 290K against 29% PEG 400, 0.2M MgCl2, and 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: Rh coated Si mirrors
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water-cooled Cu block
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25.05 Å / Num. all: 49802 / Num. obs: 49802 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3929 / Rsym value: 0.659 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2P0C

2p0c


解像度: 1.9→25.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 8.805 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2487 5 %RANDOM
Rwork0.19221 ---
obs0.19469 47038 98.32 %-
all-49525 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.967 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.06 Å20 Å20.38 Å2
2---2.51 Å20 Å2
3----3.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4126 0 67 232 4425
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224361
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5111.9945917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.585540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.76123.483178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04715742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2431529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023219
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22987
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.90432766
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.68644322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.60251834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.71271595
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 164 -
Rwork0.259 3073 -
obs--87.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4725-1.6076-0.47338.99321.33427.2606-0.11760.06740.00530.0930.29550.74210.1052-0.6785-0.1779-0.0494-0.0125-0.00830.19070.09610.1666-11.871626.3438-21.0181
26.24164.7288-0.15115.83381.5433.65360.2351-0.14840.28760.5573-0.09740.7083-0.603-0.4804-0.13770.07070.03920.02870.17620.04020.1237-6.434830.7325-19.5926
367.425421.04425.89426.56811.83970.5153-1.87565.58761.37242.51282.24692.79512.93871.4515-0.37130.605-0.0022-0.00140.6033-0.0020.6083-24.834723.3773-8.6325
48.9464-3.81933.28384.1104-2.11752.97650.0420.13840.12790.1620.01790.3145-0.2581-0.4046-0.05990.01190.02930.02270.0988-0.01470.1107-8.247126.8768-8.1713
52.4342-1.6821-0.9275.39150.56821.11530.07270.19720.1528-0.29790.0191-0.29110.1065-0.0969-0.09170.0656-0.0331-0.0160.16810.00290.09243.332214.3563-18.3288
62.86190.2406-0.41373.05140.5143.1904-0.08020.11420.0660.19580.0846-0.1522-0.05060.114-0.00440.075-0.0276-0.03160.1605-0.00550.14455.455315.7983-3.285
71.0214-0.206-0.17862.90810.59962.19040.005-0.00860.00260.00560.01420.2897-0.0524-0.2194-0.01920.01320.006-0.01430.170.00120.1549-3.04817.8025-5.9486
84.30051.8271.5035.11582.36742.8967-0.02290.246-0.34720.40850.12080.03140.45170.061-0.09790.17510.0018-0.00530.09920.01430.1030.3258-5.9646-2.4297
92.86190.7029-0.22812.39580.44182.75180.0408-0.1069-0.03980.2730.0454-0.16640.06920.1896-0.08620.09480.0112-0.04070.1259-0.01280.07085.667.01425.6912
103.95091.0434-0.16839.13713.42596.9062-0.05130.3481-0.1538-0.6020.27860.4148-0.117-0.7063-0.22720.0442-0.0422-0.05950.17880.07260.1235-12.9456-29.6785-22.1305
112.2201-0.13641.23529.7697-0.5296.8298-0.16510.0250.0162-0.18820.23770.20720.0331-0.2357-0.07260.0755-0.0309-0.02420.17420.03420.1434-7.2384-29.9336-17.8358
125.8324-0.1541.48313.49115.67469.7395-0.32330.645-0.0948-0.6948-0.25660.7397-1.0756-0.1570.57990.01490.0555-0.16020.07460.03990.1063-18.1249-25.2328-35.2775
138.76863.55933.97622.83450.41142.84360.03170.3616-0.3815-0.28480.0783-0.01770.4225-0.2757-0.110.078-0.0232-0.01180.0946-0.04290.06880.4905-28.146-32.1053
145.95330.44952.34673.73733.36283.8832-0.0075-0.0074-0.007-0.0561-0.26890.8843-0.0675-0.82590.2764-0.0803-0.0187-0.04380.21620.0570.157-13.5556-27.2389-24.9995
152.09560.70182.510710.58413.51563.69940.1778-0.22720.03360.77880.1235-0.30470.2634-0.0301-0.30130.03730.0199-0.0080.1361-0.01070.08167.4924-11.7273-12.8102
163.2197-0.07870.63432.84890.05153.9067-0.0076-0.0851-0.0757-0.04610.0868-0.2292-0.08770.145-0.07920.0360.0199-0.0030.1664-0.00940.174411.7713-17.2558-28.1945
171.0453-0.2068-0.22051.96370.41031.85660.07330.05690.0747-0.18130.04470.0366-0.2156-0.0428-0.1180.02350.0206-0.01430.1350.00360.12425.6818-6.1885-31.8932
1811.6290.32530.43083.0038-0.86259.65320.0312-0.90210.13760.8046-0.0291-0.68070.74491.072-0.0021-0.050.0798-0.06530.1973-0.07210.082524.0348-14.51-29.628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA575 - 60624 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2AA607 - 62156 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3AA625 - 63574 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4AA636 - 65885 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5AA666 - 690115 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6AA691 - 719140 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7AA720 - 805169 - 254
8X-RAY DIFFRACTION8AA806 - 827255 - 276
9X-RAY DIFFRACTION9AA828 - 861277 - 310
10X-RAY DIFFRACTION10BB575 - 59724 - 46
11X-RAY DIFFRACTION11BB598 - 61947 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12BB620 - 63569 - 84
13X-RAY DIFFRACTION13BB636 - 65185 - 100
14X-RAY DIFFRACTION14BB652 - 674101 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15BB675 - 691124 - 140
16X-RAY DIFFRACTION16BB692 - 719141 - 168
17X-RAY DIFFRACTION17BB720 - 851169 - 300
18X-RAY DIFFRACTION18BB852 - 863301 - 312

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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