PDB-3bpr: Crystal structure of catalytic domain of the proto-oncogene tyros...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bpr

タイトル

Crystal structure of catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with inhibitor C52

要素

Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

キーワード

TRANSFERASE / ATP-BINDING / DISEASE MUTATION / GLYCOPROTEIN / KINASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHORYLATION / PROTO-ONCOGENE / RECEPTOR / RETINITIS PIGMENTOSA / SENSORY TRANSDUCTION / TYROSINE-PROTEIN KINASE / VISION / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Immunoglobulin domain / Membrane / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Huang, X. / Finerty Jr, P.J. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the inhibited states of the Mer receptor tyrosine kinase.
著者: Huang, X. / Finerty, P. / Walker, J.R. / Butler-Cole, C. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Parker, S.A. / Turk, B.E. / Thompson, D.A. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2007年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bpr.cif.gz	426.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bpr.ent.gz	352.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bp/3bpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p0cSC 3brbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5z0s-1 4dei-d 2wkm-d 6yxv-2 3svv-2 4qqj-d 3f3w-2 3g7m-2 6xva-2 4v05-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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成長ホルモン (Growth Hormone)
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O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

ヘテロ分子

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36.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

ヘテロ分子

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36.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

ヘテロ分子

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4

D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER

ヘテロ分子

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36.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.001, 91.702, 120.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.06, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	ASN	ASN	A	A	575 - 863	24 - 312
2	LYS	LYS	B	B	576 - 863	25 - 312
3	ASN	ASN	C	C	575 - 863	24 - 312
4	ASN	ASN	D	D	575 - 863	24 - 312

#1: タンパク質	Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER / C-mer / Receptor tyrosine kinase MerTK 分子量: 35889.434 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain: Residues 574-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / プラスミド: pET28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-OLP / 2-(2-HYDROXYETHYLAMINO)-6-(3-CHLOROANILINO)-9-ISOPROPYLPURINE 分子量: 346.815 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₉ClN₆O
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %
結晶化	温度: 287 K / pH: 8.5 詳細: Compound C52 (50 mM in DMSO) was added to 8 mg/ml MER protein to the final concentration of 2.5 mM. The mixture was rocked at 277 K overnight and further concentrated to about 35 mg/ml. ...詳細: Compound C52 (50 mM in DMSO) was added to 8 mg/ml MER protein to the final concentration of 2.5 mM. The mixture was rocked at 277 K overnight and further concentrated to about 35 mg/ml. Crystals were grown by mixing 2 microliters of MER inhibitor solution and 2 microliters of reservoir solution (100 mM Tris-HCl pH 8.5, 3.64 M NaCl) at 287 K using the hanging-drop vapor-diffusion method. Crystals were cryo-protected with a solution composed of glycerol, ethylene glycol, glucose, and fructose., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 8.50

結晶

マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 %

結晶化

温度: 287 K / pH: 8.5
詳細: Compound C52 (50 mM in DMSO) was added to 8 mg/ml MER protein to the final concentration of 2.5 mM. The mixture was rocked at 277 K overnight and further concentrated to about 35 mg/ml. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月8日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE- CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 37537 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2P0C

2p0c

解像度: 2.8→47.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 39.32 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.719 / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30134	1889	5.1 %	RANDOM
R_work	0.27361	-	-	-
obs	0.275	35338	98.73 %	-
all	-	35338	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.24 Å²	0 Å²	1.07 Å²
2-	-	-4.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8073	0	99	131	8303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	8447
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.239	1.988	11451
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.649	5	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.029	23.555	346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.727	15	1440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.442	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	5860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.139	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.49	3	5208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.794	4	8368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.261	5	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.787	7	3083
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1932 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.03	0.05
2	B	tight positional	0.03	0.05
3	C	tight positional	0.03	0.05
4	D	tight positional	0.03	0.05
1	A	tight thermal	0.06	0.5
2	B	tight thermal	0.07	0.5
3	C	tight thermal	0.07	0.5
4	D	tight thermal	0.06	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	128	-
R_work	0.348	2433	-
obs	-	-	92.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.928	1.9123	-1.029	0.5432	-0.4292	1.5241	-0.1605	1.2273	0.3015	-0.5974	0.2387	0.5525	0.0432	-0.1904	-0.0781	0.4289	-0.1082	-0.1655	0.1048	0.0782	0.1977	8.7345	26.5431	46.125
2	4.1966	-0.1788	-1.3071	6.1192	-0.7793	0.5212	-0.1986	0.2666	0.0451	-0.0057	0.1954	-0.3494	-0.3355	0.3482	0.0032	0.2	-0.0558	-0.0813	-0.0793	-0.0926	-0.03	13.5969	16.9927	55.3203
3	7.8239	0.735	-0.2322	1.6546	1.57	3.5118	-0.1487	0.0928	0.69	0.0052	-0.046	0.1488	0.2311	-0.2683	0.1947	0.2057	0.0447	-0.0272	-0.1862	-0.0108	-0.0422	-0.6654	15.0156	60.6221
4	4.3754	0.0318	0.267	5.0305	0.4725	1.7731	-0.1915	0.1305	0.0002	-0.0753	0.0412	0.4161	0.1209	-0.069	0.1504	0.0778	0.0012	0.0232	-0.1179	0.0269	-0.0245	-2.7176	4.1692	60.3569
5	3.7944	-0.083	1.9789	3.4496	1.1319	4.0447	-0.1783	1.1959	-0.4139	-0.7683	0.3869	-0.1429	-0.3504	0.2649	-0.2086	0.4215	-0.1504	0.1707	0.096	-0.0306	0.0937	17.5153	-28.4962	45.8043
6	5.1698	-2.6929	-2.214	10.0002	7.2266	8.0577	-0.1477	0.1525	0.0595	0.0884	0.2685	0.1174	0.3582	-0.4211	-0.1208	0.1098	-0.0595	0.1105	-0.1033	0.1031	-0.1118	13.0826	-19.1642	56.772
7	7.725	-0.0965	-0.8347	2.3894	-0.7514	2.328	-0.0734	0.1228	-0.1723	-0.2239	-0.0193	-0.685	0.3256	-0.0149	0.0927	0.2418	0.0197	0.079	-0.1861	-0.0005	-0.092	26.7082	-16.8847	59.8378
8	4.2713	-0.2225	0.2572	5.933	-0.218	0.537	-0.1766	0.0472	0.092	-0.2241	0.0137	-0.3998	-0.0085	0.0401	0.1629	0.137	0.0184	0.0189	-0.078	0.0027	-0.1469	29.0485	-6.4348	60.2619
9	3.3086	0.3806	-0.7179	2.3245	0.6768	5.0719	-0.1563	-1.0723	0.324	0.78	0.31	-0.471	0.0475	0.2051	-0.1537	0.0891	0.1125	-0.1451	0.1464	-0.1094	0.2843	21.6033	-36.6096	14.4901
10	1.6518	1.9695	0.1775	3.6087	0.3944	0.0456	-0.2064	-0.7782	0.0296	0.5435	0.4838	0.0258	2.086	-0.7405	-0.2774	0.0353	0.1138	-0.0864	0.4391	-0.0795	0.2278	18.8451	-39.1546	15.6566
11	8.2426	1.5296	-0.5617	4.2768	-1.2192	1.6864	-0.297	0.1354	0.2665	-0.1048	0.0814	-0.0574	-0.2162	-0.1138	0.2157	-0.1148	-0.0096	-0.0427	-0.1126	0.0061	-0.0115	24.6497	-50.4095	-1.7062
12	3.8169	0.3958	-0.0183	6.5934	-1.1082	1.3594	-0.1301	-0.1371	-0.3533	0.1216	-0.0413	-0.3995	-0.0159	0.1223	0.1714	-0.197	-0.0153	0.0075	-0.0137	-0.0061	0.0724	33.5446	-59.0955	-0.0534
13	3.8574	1.2887	1.9067	2.4959	1.3094	4.5402	-0.0626	1.2187	-0.4007	-0.5931	0.4802	-0.1721	-0.0883	0.5453	-0.4177	0.0667	-0.1259	0.1516	0.1687	-0.0659	0.4376	56.5488	-45.9901	-14.019
14	3.6191	-0.5932	0.6169	9.5066	6.1909	6.157	-0.2382	0.2239	-0.2526	-0.0831	0.1361	0.3836	0.2708	-0.2596	0.1022	-0.1321	-0.041	0.0923	-0.0268	0.1019	0.1438	52.3149	-36.3751	-4.346
15	8.5072	-0.1961	-1.4313	3.6332	-0.3907	2.7624	-0.1426	0.1305	-0.6734	-0.0612	0.0229	-0.0677	0.0665	0.349	0.1197	-0.0839	0.0296	0.056	-0.0689	0.0025	0.0129	66.0837	-34.25	-0.2647
16	4.6315	-0.6526	-0.3947	6.208	-1.173	1.588	-0.1913	0.1459	0.0674	-0.0017	-0.0009	-0.3036	-0.0178	0.0754	0.1922	-0.2155	-0.0405	-0.0043	-0.0209	-0.0418	0.0153	68.4521	-23.813	0.1384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	575 - 651	24 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	652 - 695	101 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	696 - 730	145 - 179
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	731 - 863	180 - 312
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	576 - 650	25 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	651 - 695	100 - 144
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	696 - 730	145 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	731 - 863	180 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	575 - 659	24 - 108
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	661 - 674	110 - 123
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	675 - 731	124 - 180
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	732 - 863	181 - 312
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	575 - 650	24 - 99
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	651 - 695	100 - 144
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	696 - 730	145 - 179
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	731 - 863	180 - 312

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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