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- PDB-3bpn: Crystal structure of the IL4-IL4R-IL13Ra ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bpn
タイトルCrystal structure of the IL4-IL4R-IL13Ra ternary complex
要素
  • Interleukin-13 receptor alpha-1 chain
  • Interleukin-4
  • Interleukin-4 receptor alpha chain
キーワードCytokine/Cytokine receptor / IL4 / IL13 / IL13R / IL4R / cytokine / receptor / B-cell activation / Glycoprotein / Growth factor / Secreted / Immune response / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane / Cytokine-Cytokine receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor complex / interleukin-4 receptor activity / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling ...interleukin-13 receptor complex / interleukin-4 receptor activity / interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / production of molecular mediator involved in inflammatory response / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / neuroinflammatory response / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / positive regulation of amyloid-beta clearance / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / cytokine receptor activity / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of myoblast fusion / defense response to protozoan / cytokine binding / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / cholesterol metabolic process / B cell differentiation / T cell activation / cytokine activity / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / centriolar satellite / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / immune response / positive regulation of cell migration / external side of plasma membrane / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site ...Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 / Interleukin-4 receptor subunit alpha / Interleukin-13 receptor subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Molecular and Structural Basis of Cytokine Receptor Pleiotropy in the Interleukin-4/13 System.
著者: Laporte, S.L. / Juo, Z.S. / Vaclavikova, J. / Colf, L.A. / Qi, X. / Heller, N.M. / Keegan, A.D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-4
B: Interleukin-4 receptor alpha chain
C: Interleukin-13 receptor alpha-1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2645
ポリマ－74,8213
非ポリマー4422
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.640, 62.841, 115.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-4 / IL-4 / B-cell stimulatory factor 1 / BSF-1 / Lymphocyte stimulatory factor 1 / Binetrakin / Pitrakinra


分子量: 14989.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P05112
#2: タンパク質 Interleukin-4 receptor alpha chain / IL-4R-alpha / CD124 antigen / Soluble interleukin-4 receptor alpha chain


分子量: 23470.332 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain, residues 27-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4R, 582J2.1, IL4RA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P24394
#3: タンパク質 Interleukin-13 receptor alpha-1 chain / IL-13R-alpha-1 / IL-13RA-1 / Cancer/testis antigen 19 / CT19 / CD213a1 antigen


分子量: 36361.715 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain, residues 29-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13RA1, IL13R, IL13RA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P78552
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG8K, 0.1M cacodylate pH 6.5, 0.16M calcium acetate, 20% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 17403 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1729 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 49.084 / SU ML: 0.426 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30437 875 5 %RANDOM
Rwork0.23455 ---
obs0.23801 16508 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.635 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20 Å23 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5014 0 28 52 5094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.9447026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0445615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.12724.435239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16615855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7781526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.22277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0690.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6551.53188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95825062
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21932271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7744.51964
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.096 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 54 -
Rwork0.337 1174 -
obs--96.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00880.4038-0.42713.18951.6725.59420.33730.3304-0.009-0.3341-0.0491-0.0094-0.1503-0.3822-0.2882-0.0390.20160.0414-0.1280.0753-0.105518.9404-10.721619.1555
25.3043-3.305-0.98585.96840.92880.20850.14710.38540.3166-0.3536-0.22170.03210.1161-0.01070.07460.08510.3080.10970.01530.1596-0.1386-2.051311.523423.9875
31.76080.2115-2.29221.8506-1.02775.4340.158-0.0068-0.0278-0.00760.01650.2287-0.3151-0.5635-0.1745-0.15990.15580.01340.09220.0963-0.0643-3.9383-7.867849.1845
43.59460.7325-2.19546.4239-2.89797.06410.15210.55490.23-0.72650.00880.2272-0.0314-0.7223-0.16090.05460.16370.0216-0.0645-0.0799-0.111533.5381-27.68856.8606
53.69130.1942-0.26912.07011.33093.9688-0.02520.08330.102-0.21080.0198-0.0739-0.05650.0250.0054-0.070.03090.0098-0.14340.028-0.086934.4577-37.844735.0465
62.8848-0.9397-2.76691.12291.50415.72560.11940.00350.02640.042-0.12350.0293-0.0874-0.17060.0041-0.0867-0.0101-0.0265-0.1207-0.0135-0.057715.3499-17.526353.1435
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 1283 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2BB0 - 943 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3BB95 - 19898 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4CC30 - 1212 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5CC122 - 22394 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6CC224 - 338196 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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