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- PDB-3bor: Crystal structure of the DEADc domain of human translation initia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bor
タイトルCrystal structure of the DEADc domain of human translation initiation factor 4A-2
要素Human initiation factor 4A-II
キーワードHYDROLASE / translation initiation / DEAD box / structural genomics / helicase / ATP-binding / Host-virus interaction / Initiation factor / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis / RNA-binding / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of RNA-dependent RNA polymerase activity / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / Deadenylation of mRNA / regulation of translational initiation / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...negative regulation of RNA-dependent RNA polymerase activity / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / cytoplasmic translational initiation / Deadenylation of mRNA / regulation of translational initiation / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / translational initiation / translation initiation factor activity / viral process / helicase activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / ISG15 antiviral mechanism / RNA helicase activity / RNA helicase / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic initiation factor 4A-II
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Dimov, S. / Hong, B. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Karlberg, T. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Comparative Structural Analysis of Human DEAD-Box RNA Helicases.
著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / van den Berg, S. / Collins, R. / Lehtio, L. / Hogbom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Tempel, W. / Park, H.W. / Hammarstrom, M. / Moche, M. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human initiation factor 4A-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9271
ポリマ－26,9271
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.093, 80.102, 42.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Human initiation factor 4A-II / ATP-dependent RNA helicase eIF4A-2 / eIF4A-II / eIF-4A-II


分子量: 26927.096 Da / 分子数: 1 / 断片: DEADc domain: Residues 22-240 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4A2, DDX2B, EIF4F / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q14240, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.3
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, 0.2M Ammonium acetate. Chymotrypsin was added to the crystallization sample at a molar ratio of approx. 1:100, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 17895 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 1.659 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.85-1.9210.10.65617440.999.9
1.92-1.9910.80.51317450.986100
1.99-2.0811.10.39617641.187100
2.08-2.1911.40.31517481.394100
2.19-2.3311.80.26217721.591100
2.33-2.51120.22217981.725100
2.51-2.7612.10.17717691.819100
2.76-3.16120.12617931.914100
3.16-3.9811.60.08918322.48599.9
3.98-4010.90.06819302.31299.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.3.0037精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G9N

2g9n


解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.222 / WRfactor Rwork: 0.18 / SU B: 2.826 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 883 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 ---
obs0.187 17560 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.434 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1493 0 0 97 1590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221552
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.9732109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92132568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3245202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24924.35562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.40915278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.033158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02301
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0720.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2320.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.55121092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6852395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22531588
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6262623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5593516
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.8980.289690.2061185126599.13
1.898-1.950.246750.1981178126099.444
1.95-2.0060.229660.1891131119999.833
2.006-2.0670.247590.1781125118699.831
2.067-2.1350.245650.1751068113699.736
2.135-2.2090.199550.1751037109699.635
2.209-2.2920.252420.1641028107599.535
2.292-2.3850.234450.178994104299.712
2.385-2.4910.244490.17593098599.391
2.491-2.6110.253540.18588895099.158
2.611-2.7510.271330.19687190899.559
2.751-2.9170.205490.18881286599.538
2.917-3.1160.215330.19477781799.143
3.116-3.3630.232360.19372776599.739
3.363-3.6790.205330.18966670399.431
3.679-4.1060.229230.17362264699.845
4.106-4.7260.17300.14555258399.828
4.726-5.7530.225260.20246449199.796
5.753-7.990.253280.234375403100
7.99-300.179130.22224726199.617

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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