PDB-3boq: Crystal structure of MarR family transcriptional regulator from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3boq

タイトル

Crystal structure of MarR family transcriptional regulator from Silicibacter pomeroyi

要素

Transcriptional regulator, MarR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Silicibacter pomeroyi / transcriptional regulator / MarR family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of MarR family transcriptional regulator.
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3boq.cif.gz	61.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3boq.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3boq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3boq_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3boq_full_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示
XML形式データ	3boq_validation.xml.gz	11.8 KB	表示
CIF形式データ	3boq_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3boq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3boq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3o3v-2 3evn-d 3v0u-d 6hg6-d 2q0f-1 1gxn-d 7bvk-1 4gkt-d 2ar7-2 2fa5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC88970

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, MarR family

B: Transcriptional regulator, MarR family

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.567, 110.567, 68.951
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, MarR family 分子量: 17535.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア) 生物種: Silicibacter pomeroyi / 株: DSS-3, DSM 15171 / 遺伝子: SPOA0452 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q5LLB8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional regulator, MarR family

分子量: 17535.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
生物種: Silicibacter pomeroyi / 株: DSS-3, DSM 15171 / 遺伝子: SPOA0452 / プラスミド: pMCSG / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q5LLB8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5 M Sodium formate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月21日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 19071 / Num. obs: 18667 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 17.52
反射シェル	解像度: 2.39→2.49 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / Num. unique all: 1884 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.39→24.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 13.335 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23296	958	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20287	-	-	-
all	0.20438	18641	-	-
obs	0.20438	18641	97.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.031 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.11 Å²	-1.55 Å²	0 Å²
2-	-	-3.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→24.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2061	0	0	48	2109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.975	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.941	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.643	24.731	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.867	15	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.331	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	338
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.288	0.2	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.997	1.5	1431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.279	2	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.532	3	771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.585	4.5	681
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	76	-
R_work	0.227	1301	-
obs	-	1377	97.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.6828	8.3968	9.3425	6.5279	4.9638	7.5962	-0.3701	0.7253	0.0253	-0.4337	0.4709	-0.2657	-0.3444	0.3888	-0.1008	-0.2319	0.0229	0.025	-0.2717	-0.1317	-0.275	-19.7589	79.7965	-9.32
2	8.9255	-0.4295	3.9266	4.2447	-0.8832	6.6286	0.2969	-0.7379	-0.5806	0.154	-0.0719	0.0788	0.3412	-0.2833	-0.225	-0.1382	-0.0235	-0.1348	-0.1833	0.001	-0.1029	-9.8213	71.0232	10.0792
3	13.6955	-8.9703	10.4495	12.0296	-8.7925	12.4003	-0.5812	-0.6888	1.1484	0.5483	0.2954	-1.0346	-0.4857	-0.5537	0.2858	-0.2039	-0.0335	-0.0636	-0.2561	-0.2352	-0.1177	-12.5109	88.0255	6.5451
4	5.7977	7.8861	0.5649	44.7697	-1.29	2.8861	0.3888	-0.3753	0.3255	0.7546	-0.4489	0.5771	-0.0397	-0.3332	0.0601	-0.1978	-0.0285	-0.0152	-0.1406	-0.109	-0.3626	-31.4939	82.5808	-1.918
5	2.7247	-0.4558	-0.8389	17.2081	7.8149	6.3158	0.0967	-0.3768	-0.1342	1.0731	-0.0239	0.2068	0.2024	-0.0079	-0.0728	-0.2031	0.0053	-0.1386	-0.1364	-0.0151	-0.132	-22.306	74.906	-3.0375
6	8.6601	-2.2404	-1.3006	6.8614	1.3108	5.8305	0.2509	0.0955	0.8797	-0.5472	-0.043	-0.9946	-0.8778	1.1376	-0.2079	0.1535	-0.0514	0.0854	-0.0032	-0.1815	0.2156	-9.8937	70.2933	-23.6312
7	14.3043	-4.0119	-11.1378	3.832	4.0853	12.266	-0.0685	0.4364	-0.9724	-0.0901	-0.1634	0.0894	0.2214	-0.3434	0.2319	-0.2198	-0.0339	-0.1069	-0.2229	-0.1536	-0.0104	-25.6033	63.6127	-18.9127
8	24.6695	21.9086	-3.3749	28.2581	-3.1312	2.5459	0.0267	0.2377	0.7232	-0.5131	0.1363	0.9275	-0.3241	-0.2791	-0.1629	-0.1565	0.0358	-0.0543	-0.2024	-0.1067	-0.3769	-31.4228	83.2606	-10.2367

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 41	10 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	42 - 107	45 - 110
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	108 - 130	111 - 133
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	131 - 150	134 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	7 - 41	10 - 44
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	42 - 107	45 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	108 - 130	111 - 133
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	131 - 150	134 - 153

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