PDB-3boo: Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with an inhib...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3boo

タイトル

Structure of the C. botulinum neurotoxin serotype A with an inhibitory peptide bound

要素

N-Ac-CRATKML inhibitory peptide
Neurotoxin A

キーワード

TOXIN/TOXIN INHIBITOR / botulinum / neurotoxin / metalloprotease / peptidic inhibitor / TOXIN-TOXIN INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

bontoxilysin / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Silvaggi, N.R. / Allen, K.N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Catalytic features of the botulinum neurotoxin A light chain revealed by high resolution structure of an inhibitory peptide complex.
著者: Silvaggi, N.R. / Wilson, D. / Tzipori, S. / Allen, K.N.

履歴

登録	2007年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3boo.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3boo.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3boo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3boo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3boo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bokSC 3bonC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3c8a-d 7kyf-d 3c88-d 3qw5-d 6xce-d 4ks6-d 4zjx-d 3qw8-d 6xcf-d 2g7p-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Neurotoxin A

B: N-Ac-CRATKML inhibitory peptide

ヘテロ分子

49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.046, 66.571, 65.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.630, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Neurotoxin A 分子量: 48793.094 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN (RESIDUES 1-425) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: BOTA, ATX, BNA / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: A2I2U2, UniProt: P0DPI1*PLUS, bontoxilysin
#2: タンパク質・ペプチド	N-Ac-CRATKML inhibitory peptide 分子量: 866.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Inhibitory peptide was chemically synthesized
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 612 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M AMMONIUM TARTRATE, pH 6.9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射	モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 83517 / Num. obs: 79759 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.055 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 6631 / Χ²: 0.86 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
CBASS		データ収集

精密化

開始モデル: PDB ID 3BOK

3bok

解像度: 1.4→20.988 Å / FOM work R set: 0.877 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Riding hydrogen atoms were used in the refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	3608	4.99 %	RANDOM
R_work	0.148	-	-	-
all	0.1567	81939	-	-
obs	0.15	75886	86.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.922 Å² / k_sol: 0.407 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.15 Å² / B_iso mean: 22.76 Å² / B_iso min: 7.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	10.479 Å²	0 Å²	5.06 Å²
2-	-	-5.216 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-5.264 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→20.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3461	0	1	612	4074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.181	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.997	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	3.753	1

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.418	0.297	103	0.209	1956	2059	64.2
1.418-1.438	0.25	103	0.206	2010	2113	65.89
1.438-1.458	0.218	108	0.194	2103	2211	69.38
1.458-1.48	0.253	120	0.186	2213	2333	72.48
1.48-1.503	0.218	113	0.176	2251	2364	74.86
1.503-1.528	0.196	113	0.17	2346	2459	76.65
1.528-1.554	0.186	129	0.168	2427	2556	79.58
1.554-1.582	0.198	137	0.166	2488	2625	81.57
1.582-1.613	0.185	137	0.165	2558	2695	84.35
1.613-1.645	0.192	134	0.164	2549	2683	84.99
1.645-1.681	0.226	144	0.157	2661	2805	86.84
1.681-1.72	0.179	140	0.151	2639	2779	87.06
1.72-1.763	0.179	137	0.146	2672	2809	87.97
1.763-1.811	0.165	151	0.15	2796	2947	91.15
1.811-1.864	0.184	144	0.146	2704	2848	89
1.864-1.924	0.188	145	0.146	2786	2931	91.57
1.924-1.993	0.173	151	0.144	2831	2982	93.16
1.993-2.073	0.156	152	0.14	2904	3056	94.97
2.073-2.167	0.179	155	0.138	2926	3081	95.98
2.167-2.281	0.166	152	0.133	2957	3109	96.88
2.281-2.424	0.176	151	0.131	2921	3072	95.76
2.424-2.611	0.167	157	0.137	2978	3135	96.73
2.611-2.873	0.173	159	0.141	2993	3152	97.95
2.873-3.287	0.175	158	0.148	3022	3180	98.24
3.287-4.136	0.155	160	0.134	3028	3188	98.06
4.136-20.99	0.161	155	0.141	2951	3106	93.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0458	-0.1156	0.1207	0.189	0.0078	0.1494	-0.0289	-0.0233	0.0101	0.145	-0.0177	-0.1211	-0.0654	0.136	0.0001	0.2279	-0.0213	-0.0088	0.1485	-0.0156	0.1505	22.6834	1.2948	34.7514
2	0.0184	0.0093	0.0606	0.1308	0.0003	0.1825	0.0014	-0.0284	0.0732	0.0786	0.0821	0.2823	0.0562	-0.1233	-0	0.1867	-0.0193	0.0145	0.136	0.007	0.1861	12.7607	-1.7535	31.4289
3	0.1255	-0.0689	0.0204	0.1018	-0.1187	-0.041	-0.0237	0.0755	-0.0275	0.0516	-0.0273	0.26	0.1693	-0.1553	-0	0.1769	-0.0367	0.0201	0.1686	-0.0032	0.2128	9.2994	-16.9809	22.2445
4	0.18	-0.02	-0.0362	0.1642	0.2577	0.3887	0.0167	0.0038	0.0048	0.0941	-0.0132	-0.0314	-0.0859	0.0536	0	0.1318	-0.0162	-0.0027	0.1263	0.0032	0.1322	21.3737	-0.2172	22.5482
5	-0.0184	-0.0033	0.0947	0.0498	0.2148	0.0992	-0.0815	-0.1031	0.0105	0.1405	0.0191	0.111	-0.2145	-0.3133	0	0.1988	0.0297	0.0054	0.221	-0.0192	0.194	1.8804	9.3283	31.7034
6	0.0166	-0.0125	-0.0312	0.0518	-0.1291	0.2457	-0.0136	0.0086	-0.0254	0.0736	-0.0179	0.0346	-0.0089	-0.0687	-0	0.11	-0.0053	0.0033	0.141	-0.0115	0.1368	9.73	-2.5184	20.6904
7	-0.0475	-0.047	0.1063	0.1198	0.0005	0.273	-0.0115	0.0183	-0.0037	-0.0374	-0.0004	0.0046	0.0407	-0.0178	0	0.1141	-0.0099	-0.0005	0.1326	-0.0051	0.1372	19.858	-7.9921	6.8417
8	-0.0019	-0.1847	0.0518	0.1094	-0.0594	0.0491	0.093	0.1482	-0.117	-0.1991	-0.0694	0.0275	0.0553	-0.0287	-0.001	0.1233	-0.0072	-0.0425	0.1577	-0.0448	0.1431	9.6611	-8.5018	-0.9322
9	0.3243	0.1203	0.3137	0.3447	-0.3319	0.3249	-0.0925	0.017	-0.0584	-0.0705	0.1376	0.1445	-0.2383	-0.2222	0.0013	0.2556	0.1136	-0.0019	0.2408	0.048	0.1608	4.0007	10.8656	3.9051
10	0.4544	0.0478	-0.1657	-0.1764	-0.1505	0.8617	0.1226	0.026	0.1434	-0.0942	0.0007	-0.1311	-0.3817	0.0009	0.0023	0.2242	0.0042	0.0166	0.0986	0.0076	0.1358	13.1872	13.4436	12.1673
11	0.173	-0.1903	-0.2486	0.3149	0.1521	0.1751	0.0254	-0.0751	-0.0015	-0.0751	0.0126	-0.1167	-0.0031	0.0528	-0	0.1035	-0.0237	0.0009	0.1641	-0.0033	0.1569	33.5444	-10.1904	14.2758
12	0.1374	-0.0445	-0.0533	0.1457	0.129	0.2127	-0.0525	0.1221	-0.2019	-0.0381	0.0656	-0.1195	0.1501	0.032	0	0.1349	-0.0128	0.0135	0.1705	-0.0137	0.165	30.7583	-18.8621	10.1304
13	0.0036	-0.0088	-0.0001	0.0072	0.0138	0.012	-0.2159	-0.0004	-0.1669	0.1342	-0.0454	0.2592	0.1794	-0.1572	-0.0001	0.1817	-0.0443	0.0273	0.1745	-0.0334	0.1959	11.3753	-13.8439	7.6429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resseq :23	A	1 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resseq 24:47	A	24 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and resseq 48:73	A	48 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and resseq 74:120	A	74 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and resseq 121:143	A	121 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and resseq 144:195	A	144 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and resseq 196:238	A	196 - 238
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain A and resseq 239:268	A	239 - 268
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain A and resseq 269:301	A	269 - 301
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain A and resseq 302:366	A	302 - 366
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain A and resseq 367:398	A	367 - 398
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain A and resseq 399:423	A	399 - 423
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B	B	0 - 7

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)