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- PDB-3bol: Cobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from Thermotoga m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bol
タイトルCobalamin-dependent methionine synthase (1-566) from Thermotoga maritima complexed with Zn2+
要素5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / MetH / TIM BARREL / ZINC / ZINC INVERSION / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine synthase / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / methionine biosynthetic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / methylation / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
5-methyltetrahydrofolate-homocysteine S-methyltransferase, bacterial / Homocysteine-binding-like domain / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain ...5-methyltetrahydrofolate-homocysteine S-methyltransferase, bacterial / Homocysteine-binding-like domain / B12-binding N-terminal domain profile. / B12 binding domain / Homocysteine-binding domain / Homocysteine-binding domain superfamily / Homocysteine S-methyltransferase / Homocysteine-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Methionine synthase domain / B12 binding domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Dihydropteroate synthase-like / Pterin-binding domain / Pterin binding enzyme / Pterin-binding domain profile. / Dihydropteroate synthase-like / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / : / YTTRIUM (III) ION / Methionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Koutmos, M. / Smith, J.L. / Ludwig, M.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Metal active site elasticity linked to activation of homocysteine in methionine synthases.
著者: Koutmos, M. / Pejchal, R. / Bomer, T.M. / Matthews, R.G. / Smith, J.L. / Ludwig, M.L.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase
B: 5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7659
ポリマ－127,2662
非ポリマー4997
水6,377354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.626, 85.841, 125.587
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 5-methyltetrahydrofolate S-homocysteine methyltransferase


分子量: 63633.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: Q9WYA5, methionine synthase

-
非ポリマー , 5種, 361分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 化合物 ChemComp-HCS / 2-AMINO-4-MERCAPTO-BUTYRIC ACID / L-Homocysteine / ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 135.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO2S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% 1,2-propanediol, 10% glycerol, 5% PEG 3000, 100 mM potasium citrate pH 4.8, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 10 mM YCl3. Soaking with 20% 1,2-propanediol, 10% glycerol, 5% PEG 3000, 100 mM TRIS ...詳細: 25% 1,2-propanediol, 10% glycerol, 5% PEG 3000, 100 mM potasium citrate pH 4.8, 1.5% 1,2,3-heptanetriol, 10 mM YCl3. Soaking with 20% 1,2-propanediol, 10% glycerol, 5% PEG 3000, 100 mM TRIS pH 7, and 1.5% 1,2,3-heptanetriol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→47.62 Å / Num. all: 106175 / Num. obs: 106165 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 31.916 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 21.65
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. measured obs: 126216 / Num. unique all: 16806 / Num. unique obs: 16806 / Rsym value: 0.417 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Translation4.5 Å50 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
CNS1.2 / REFMAC 5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 2.901 / SU ML: 0.089 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 5351 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 106164 99.99 %-
all-106175 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.964 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å20.34 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----1.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.128 Å0.136 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8687 0 14 354 9055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0228857
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.531.9911968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.08451101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82924.175388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53151604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7071558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.24375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.26180
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.110.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9841.55498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8128894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82333392
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7334.53074
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 414 -
Rwork0.228 7405 -
all-7819 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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