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万見
- PDB-3bq6: Crystal Structure of T. maritima Cobalamin-Independent Methionine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bq6
タイトルCrystal Structure of T. maritima Cobalamin-Independent Methionine Synthase complexed with Zn2+ (Monoclinic)
要素5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / MetE / TIM BARREL / HOMOCYSTEINE / ZINC / ZINC INVERSION / Amino-acid biosynthesis / Metal-binding / Methionine biosynthesis / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase / 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase activity / 'de novo' L-methionine biosynthetic process / methylation / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Cobalamin-independent methionine synthase / Cobalamin-independent methionine synthase MetE, N-terminal / Cobalamin-independent synthase, N-terminal domain / Cobalamin-independent methionine synthase MetE, C-terminal/archaeal / Cobalamin-independent synthase, Catalytic domain / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pejchal, R. / Smith, J.L. / Ludwig, M.L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Metal active site elasticity linked to activation of homocysteine in methionine synthases.
著者: Koutmos, M. / Pejchal, R. / Bomer, T.M. / Matthews, R.G. / Smith, J.L. / Ludwig, M.L.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase
B: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,9514
ポリマ－178,8212
非ポリマー1312
水4,053225
1
A: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4762
ポリマ－89,4101
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4762
ポリマ－89,4101
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.087, 107.604, 107.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase / Methionine synthase / vitamin-B12 independent isozyme / Cobalamin-independent methionine synthase


分子量: 89410.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: metE / プラスミド: pET-151/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (DE3)
参照: UniProt: Q9X112, 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine S-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: vapor batch, under oil / pH: 8.5
詳細: 19.5% PEG 3350, 0.2M magnesium acetate, 2.5% ethylene glycol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR BATCH, UNDER OIL, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日
詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.9 Å / Num. all: 89790 / Num. obs: 89746 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 34.81 Å2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T7L

1t7l


解像度: 2.1→48.9 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 2244 2.5 %RANDOM
Rwork0.2099 ---
obs0.2106 89746 99.9 %-
all-89790 --
原子変位パラメータBiso mean: 39.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.037 Å20 Å2-3.953 Å2
2---7.881 Å20 Å2
3----0.156 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11003 0 2 225 11230
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfOND0.005
X-RAY DIFFRACTIONfNGLE0.845
X-RAY DIFFRACTIONfHIRALITY0.056
X-RAY DIFFRACTIONfLANARITY0.003
X-RAY DIFFRACTIONfIHEDRAL15.048
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.145 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 139 -
Rwork0.263 --
obs-5569 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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