PDB-3bog: Snow Flea Antifreeze Protein Quasi-racemate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bog

タイトル

Snow Flea Antifreeze Protein Quasi-racemate

要素

(6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein) x 2

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / quasi-racemate / sfAFP / mirror image proteins / racemic protein crystallography

機能・相同性

Unknown ligand / 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

機能・相同性情報

生物種

Hypogastrura harveyi (節足動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Pentelute, B.L. / Kent, S.B.H. / Gates, Z.P. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kurutz, J. / Dashnau, J. / Vaderkooi, J.M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: X-ray structure of snow flea antifreeze protein determined by racemic crystallization of synthetic protein enantiomers
著者: Pentelute, B.L. / Gates, Z.P. / Tereshko, V. / Dashnau, J.L. / Vanderkooi, J.M. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.

履歴

登録	2007年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2018年1月24日	Group: Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: audit_author / entity_poly / pdbx_entity_src_syn Item: _audit_author.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._audit_author.name / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 2.1	2019年8月21日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bog.cif.gz	106.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bog.ent.gz	91 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bog_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bog_full_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示
XML形式データ	3bog_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	3bog_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3bog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/3bog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pneC 3boiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1b6q-d 4gqm-d 3cs5-2 1z9i-d 1ejq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

B: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

C: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

D: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

26.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

D: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

C: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.640, 32.359, 59.699
Angle α, β, γ (deg.)	88.62, 89.31, 72.84
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein 分子量: 6582.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized. / 由来: (合成) Hypogastrura harveyi (節足動物) / 参照: UniProt: Q38PT6
#2: タンパク質	6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein 分子量: 6486.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized. / 由来: (合成) Hypogastrura harveyi (節足動物) / 参照: UniProt: Q38PT6
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.43 %

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97928, 0.97942, 0.94929

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月30日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97928	1
2	0.97942	1
3	0.94929	1

反射

解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 57496 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 37.9

反射シェル

解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXD	(heavy atom search)	位相決定
SOLVE	(MAD phasing and density modification)	位相決定
RESOLVE	(MAD phasing and density modification)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.2→27.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 0.942 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.192	3064	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
obs	0.162	57496	94.7 %	-
all	-	57496	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0.02 Å²	0.25 Å²
2-	-	0.29 Å²	-0.1 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→27.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	8	477	2303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.945	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.005	2.213	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	13.284	5	320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.198	25.556	18
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.635	15	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.838	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	216
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.917	1.5	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.973	1.5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.519	2	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.602	3	357
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.576	4.5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.753	3	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.597	3	1640

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	208	-
R_work	0.137	4052	-
obs	-	-	90.54 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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