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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bnq
タイトルCrystal Structure of the Homo sapiens Mitochondrial Ribosomal Decoding Site in the Presence of SrCl2 (A1555G mutant, Br-derivative)
要素(A site of human mitochondrial ribosome, ...) x 2
キーワードRNA / ribosome / decoding site
機能・相同性: / PAROMOMYCIN / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kondo, J. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: The bacterial and mitochondrial ribosomal A-site molecular switches possess different conformational substates
著者: Kondo, J. / Westhof, E.
履歴
登録2007年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A site of human mitochondrial ribosome, A chain
B: A site of human mitochondrial ribosome, A chain
C: A site of human mitochondrial ribosome, A chain
D: A site of human mitochondrial ribosome, B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,36015
ポリマ－28,9654
非ポリマー1,39511
水2,396133
1
A: A site of human mitochondrial ribosome, A chain
B: A site of human mitochondrial ribosome, A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0916
ポリマ－14,7892
非ポリマー3024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: A site of human mitochondrial ribosome, A chain
D: A site of human mitochondrial ribosome, B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2699
ポリマ－14,1762
非ポリマー1,0937
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.266, 76.056, 55.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

SR

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要素

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A site of human mitochondrial ribosome, ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖 A site of human mitochondrial ribosome, A chain


分子量: 7394.280 Da / 分子数: 3 / 変異: A1555G / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 A site of human mitochondrial ribosome, B chain


分子量: 6781.949 Da / 分子数: 1 / 変異: A1555G / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 144分子

#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Sodium cacodylate, KCl, spermine tetrachloride, paromomycin, 2-methyl-2,4-pentanediol, SrCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCl11
3Sodium cacodylate11
4SrCl211
5MPD12
6KCl12
7SrCl212

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.92070, 0.92110, 0.91625
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92071
20.92111
30.916251
Reflection冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 7 / 数: 60538 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / D res high: 2 Å / D res low: 49.662 Å / Num. obs: 17465 / % possible obs: 97.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.3249.6696.410.050.053.3
4.476.3299.410.0460.0463.3
3.654.4799.710.0460.0463.6
3.163.6510010.0340.0343.6
2.833.1699.910.0360.0363.7
2.582.8310010.0560.0563.7
2.392.5810010.0860.0863.7
2.242.3910010.130.133.7
2.112.2497.810.2080.2083.4
22.1185.610.280.282.6
反射解像度: 2→49.791 Å / Num. obs: 17519 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.112.60.3731.9567822070.37385.5
2.11-2.243.30.2752.5811324280.27597.9
2.24-2.393.70.1684863923180.168100
2.39-2.583.70.1086.3807121740.108100
2.58-2.833.70.06210.8743720060.062100
2.83-3.163.70.03911668018130.03999.9
3.16-3.653.60.03612582516000.036100
3.65-4.473.60.04710.9485213570.04799.6
4.47-6.323.30.04611348010530.04699.4
6.32-49.793.40.04411.619195630.04496.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.91626.14-9.8
13 wavelength20.92076.84-6.98
13 wavelength30.92112.24-9.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
SOLVE2.12位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→49.791 Å / FOM work R set: 0.795 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 1728 9.6 %
Rwork0.229 --
obs-17514 97.2 %
溶媒の処理Bsol: 65.271 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 47.179 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.467 Å20 Å2-5.31 Å2
2--2.062 Å20 Å2
3----2.528 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.791 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1912 52 133 2097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.0041.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.82
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1rna_free.param
X-RAY DIFFRACTION2bru.param
X-RAY DIFFRACTION3par2_xplor.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION6srO_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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