PDB-3bnd: Lipoxygenase-1 (Soybean), I553V Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bnd

タイトル

Lipoxygenase-1 (Soybean), I553V Mutant

要素

Seed lipoxygenase-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / LIPOXYGENASE / METALLOPROTEIN / FATTY ACIDS / Fatty acid biosynthesis / Iron / Lipid synthesis / Metal-binding / Oxylipin biosynthesis / ---

機能・相同性

機能・相同性情報

linolenate 9R-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase / linoleate 13S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Tomchick, D.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Enzyme structure and dynamics affect hydrogen tunneling: the impact of a remote side chain (I553) in soybean lipoxygenase-1.
著者: Meyer, M.P. / Tomchick, D.R. / Klinman, J.P.

履歴

登録	2007年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bnd.cif.gz	190.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bnd.ent.gz	148.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bnd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bnd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bnd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bnbC 3bncC 3bneC 1f8nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hu9-d 1fgq-d 5eeo-d 1fgr-d 1jnq-d 2sbl-2 3bnb-d 1rov-d 1rrl-1 1n8q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Seed lipoxygenase-1

ヘテロ分子

94.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.012, 93.004, 49.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Seed lipoxygenase-1 / L-1 分子量: 94508.133 Da / 分子数: 1 / 変異: I553V, S160E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: LOX1.1, LOX1 / プラスミド: PT-7/L-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08170, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→27.4 Å / Num. all: 110778 / Num. obs: 110778 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.633 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1f8n

1f8n

解像度: 1.6→27.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.255 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20019	3349	3 %	RANDOM
R_work	0.1676	-	-	-
obs	0.16857	107395	100 %	-
all	-	107395	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.37 Å²
2-	-	-0.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.058 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6507	0	1	641	7149

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6795
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.963	9257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.695	5	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.885	24.202	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.919	15	1155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.823	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.087	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.5	4165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.46	2	6778
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.39	3	2630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.885	4.5	2479
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.602→1.644 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	250	-
R_work	0.233	7668	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6619	-0.0658	-0.1045	2.5011	-0.4273	1.3017	0.0441	0.0798	-0.265	-0.3152	-0.1609	-0.8268	0.0651	0.2423	0.1169	-0.0569	0.0264	0.1224	0.0632	0.0662	0.4553	59.2647	41.8789	9.4838
2	1.2127	0.119	0.4189	0.3855	-0.0778	0.5664	0.0145	-0.0524	0.2105	-0.029	-0.0684	-0.1729	-0.1443	0.0589	0.0538	-0.045	-0.0126	0.0105	-0.0377	0.0014	-0.0316	27.3309	57.7135	13.9575
3	1.0861	0.1948	-0.1733	1.0749	0.0125	0.4698	0.0094	0.0023	-0.0044	-0.0001	-0.0376	-0.0319	0.0269	-0.0817	0.0282	0.0348	0.0058	-0.0133	0.0233	-0.0068	-0.0472	5.9152	42.6613	9.4616
4	1.2539	0.4982	-0.1063	1.9184	0.1852	1.0665	0.0473	-0.1079	0.042	0.1207	-0.0948	0.1767	-0.0558	-0.1167	0.0475	0.0646	-0.0086	0.0149	0.0685	-0.0055	-0.0321	-2.3698	40.2161	18.3331
5	1.2966	0.2016	-0.0585	0.6685	-0.0883	0.3444	0.0474	-0.2306	-0.2486	0.0473	-0.1019	-0.2345	0.0389	0.0516	0.0545	0.0292	-0.0002	-0.0169	0.0567	0.074	0.0453	24.9001	36.0062	19.1517
6	1.1853	0.1772	-0.0643	1.086	-0.2323	0.6341	-0.0099	0.017	-0.1585	-0.0767	-0.0432	-0.189	0.0449	0.0003	0.0532	0.0257	0.0018	0.0237	-0.0045	0.0141	-0.0191	19.048	38.734	6.1092

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 164	7 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	165 - 312	165 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	313 - 389	313 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	390 - 475	390 - 475
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	476 - 666	476 - 666
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	667 - 839	667 - 839

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)