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万見
- PDB-3bl2: Crystal Structure of M11, the BCL-2 Homolog of Murine Gamma-herpe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bl2
タイトルCrystal Structure of M11, the BCL-2 Homolog of Murine Gamma-herpesvirus 68, Complexed with Mouse Beclin1 (residues 106-124)
要素
  • Beclin-1
  • V-bcl-2
キーワードVIRAL PROTEIN/APOPTOSIS / protein-protein complex / viral BCL-2 / Beclin1 / apoptosis / M11 / autophagy / Antiviral defense / Coiled coil / Cytoplasm / Golgi apparatus / Membrane / VIRAL PROTEIN-APOPTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Macroautophagy / cellular response to aluminum ion / ISG15 antiviral mechanism / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / engulfment of apoptotic cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization ...Macroautophagy / cellular response to aluminum ion / ISG15 antiviral mechanism / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / engulfment of apoptotic cell / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of stress granule assembly / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / positive regulation of autophagosome assembly / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / receptor catabolic process / SMAD protein signal transduction / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / Ub-specific processing proteases / response to other organism / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / negative regulation of programmed cell death / response to iron(II) ion / lysosome organization / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / p38MAPK cascade / autophagosome assembly / response to vitamin E / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / neuron development / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / cellular response to copper ion / positive regulation of autophagy / cellular response to epidermal growth factor stimulus / negative regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / autophagosome / regulation of cytokinesis / macroautophagy / trans-Golgi network / response to lead ion / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / circadian rhythm / GTPase binding / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / regulation of apoptotic process / angiogenesis / defense response to virus / host cell cytoplasm / cytoskeleton / response to hypoxia / regulation of autophagy / endosome membrane / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / apoptotic process / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator M11 / Apoptosis regulator M11, B cell 2 leukaemia/lymphoma like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region ...Apoptosis regulator M11 / Apoptosis regulator M11, B cell 2 leukaemia/lymphoma like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Beclin-1 / Apoptosis regulator Bcl-2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Oh, B.-H. / Woo, J.-S. / Ku, B.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2008
タイトル: Structural and Biochemical Bases for the Inhibition of Autophagy and Apoptosis by Viral BCL-2 of Murine gamma-Herpesvirus 68
著者: Ku, B. / Woo, J.-S. / Liang, C. / Lee, K.-H. / Hong, H.-S. / E, X. / Kim, K.-S. / Jung, J.U. / Oh, B.-H.
履歴
登録2007年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-bcl-2
B: V-bcl-2
C: Beclin-1
D: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7904
ポリマ－34,7904
非ポリマー00
水1,06359
1
A: V-bcl-2
C: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3952
ポリマ－17,3952
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
手法PISA
2
B: V-bcl-2
D: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3952
ポリマ－17,3952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
手法PISA
3
A: V-bcl-2
C: Beclin-1

B: V-bcl-2
D: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7904
ポリマ－34,7904
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area5130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.863, 53.601, 73.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 V-bcl-2 / Bcl-2 homolog / Gene 16? / M11


分子量: 15152.237 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-135 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
属: Rhadinovirus / 遺伝子: v-bcl-2, GAMMAHV.M11, M11 / プラスミド: pET30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P89884
#2: タンパク質・ペプチド Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein


分子量: 2242.639 Da / 分子数: 2
断片: BCL-2 binding region, BH3-like domain, UNP residues 106-124
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Becn1 / プラスミド: pPROEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O88597
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M MgCl2, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 13513 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.582 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.383.30.16211501.46380.5
2.38-2.483.50.14212101.44586.1
2.48-2.593.70.13912911.45690.2
2.59-2.7340.1313431.63593.3
2.73-2.94.30.10613651.52495.1
2.9-3.124.70.0913971.54597.5
3.12-3.435.80.07214071.51598.7
3.43-3.935.90.0614311.75699.4
3.93-4.956.40.04614451.59799.2
4.95-306.20.04414741.64899.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.05 Å29.33 Å
Translation3.05 Å29.33 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ABO

2abo


解像度: 2.3→20 Å / FOM work R set: 0.829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 684 4.8 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs-13447 94.1 %-
溶媒の処理Bsol: 32.021 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 29.914 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.076 Å20 Å211.09 Å2
2--3.283 Å20 Å2
3---3.793 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2444 0 0 59 2503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0065
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.0627
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2672
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3662.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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