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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bk8 | ||||||
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タイトル | Urate oxidase aza-xanthine complex in cyanide | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / uric acid / cyanide / inhibition / degradation mechanism / Acetylation / Peroxisome / Purine metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural analysis of urate oxidase in complex with its natural substrate inhibited by cyanide: Mechanistic implications 著者: Gabison, L. / Prange, T. / Colloc'h, N. / El Hajji, M. / Castro, B. / Chiadmi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bk8.cif.gz | 79.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bk8.ent.gz | 58.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bk8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bk8_validation.pdf.gz | 382.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bk8_full_validation.pdf.gz | 383.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bk8_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bk8_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/3bk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/3bk8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34157.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 発現宿主: saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-AZA / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 8.5MG/ML URATE OXIDASE, 0.2 M SODIUM CYANIDE, 50MM TRIS BUFFER, 0.5MG/ML 8-AZAXANTHINE, 15% PEG 8000 , pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 / 波長: 0.978 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月12日 / 詳細: BENT MIRROR |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→30 Å / Num. all: 51797 / Num. obs: 50567 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2103 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2ICQ 解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 10659 / Num. restraintsaints: 9805 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2651 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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