PDB-3bj2: met-Perch Hemoglobin at pH 6.3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bj2

タイトル

met-Perch Hemoglobin at pH 6.3

要素

hemoglobin alpha
hemoglobin beta

キーワード

OXYGEN BINDING / hemoglobin / autooxidation / heme loss / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Perca flavescens (魚類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Aranda IV, R. / Cai, H. / Levin, E.J. / Richards, M.P. / Phillips Jr., G.N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of fish versus mammalian hemoglobins: Effect of the heme pocket environment on autooxidation and hemin loss.
著者: Aranda, R. / Cai, H. / Worley, C.E. / Levin, E.J. / Li, R. / Olson, J.S. / Phillips, G.N. / Richards, M.P.

履歴

登録	2007年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bj2.cif.gz	134.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bj2.ent.gz	106.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bj2_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bj2_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3bj2_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	3bj2_validation.cif.gz	38.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qspC 2qssC 2r1hC 3bj1C 3bj3C 1ouuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bj1-d 3bj3-d 5c6e-1 3fs4-d 4n7o-1 1xq5-d 3gqr-1 2qls-d 3at5-1 2hco-1 1pbx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (4) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (4) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (4) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (4)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (4)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (4)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (4)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (4)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (4)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (4)

登録構造単位

A: hemoglobin alpha

B: hemoglobin beta

C: hemoglobin alpha

D: hemoglobin beta

A: ACETYL GROUP

C: ACETYL GROUP

ヘテロ分子

65.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.636, 85.022, 123.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

tetramer, composed of two alpha (A and C) and two beta (B and D) chains

#1: タンパク質	hemoglobin alpha 分子量: 15523.905 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perca flavescens (魚類) / 参照: UniProt: D0VWS3*PLUS
#2: タンパク質	hemoglobin beta 分子量: 16085.478 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Perca flavescens (魚類) / 参照: UniProt: D0VWV3*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド分子量: 44.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.1 M N-(2-Acetamido) Iminodiacetic Acid (ADA) at pH 6.3 and 17% PEG 4K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→70 Å / Num. obs: 38119

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OUU

1ouu

解像度: 2→70 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 8.175 / SU ML: 0.125 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23179	2047	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18394	-	-	-
obs	0.18639	38119	96.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.019 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→70 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4458	0	178	278	4914

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	4806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	2.065	6581
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.626	5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.445	24.241	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.505	15	774
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.465	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.281	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.033	1.5	2996
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.579	2	4626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.719	3	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.942	4.5	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	122	-
R_work	0.219	2017	-
obs	-	-	69.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0534	0.67	0.0169	2.7031	-0.2506	1.903	0.0281	0.2602	-0.0286	-0.117	0.0166	-0.1937	0.3445	0.3336	-0.0447	0.1465	0.0928	0.0458	0.0681	-0.0171	0.0819	33.9652	-6.3603	37.5435
2	1.4595	-0.2874	1.0132	1.8826	-0.7223	2.0749	0.1217	0.1903	0.0481	-0.1332	-0.1707	-0.1951	0.2834	0.2784	0.049	0.1928	0.075	0.0493	0.0828	-0.0209	0.1151	34.8917	-7.6539	41.3425
3	1.5419	0.3415	-1.1411	0.1108	0.6535	24.1725	0.1572	-0.1057	-0.4871	-0.1583	-0.2299	0.2466	0.5997	0.1248	0.0727	0.2141	0.0744	-0.0038	0.0575	-0.0217	0.1892	33.0849	-11.6776	55.3734
4	3.4084	1.0549	-0.5895	3.6537	-0.9961	1.9091	-0.145	0.2462	0.0417	-0.2528	0.1153	0.0129	-0.071	-0.1132	0.0296	0.1188	-0.0032	0.0183	0.0699	0.0064	0.0126	20.2557	9.5219	36.4064
5	0.1592	1.0592	2.1782	7.048	14.4941	29.8072	-0.4177	-0.7698	-1.6654	0.6285	0.1322	1.0248	1.7466	-3.0569	0.2854	0.3086	-0.3028	-0.0054	0.4692	0.0236	0.6143	4.1442	-1.4168	42.1763
6	2.1563	-0.5865	-0.9783	1.5824	0.7329	1.7578	-0.0796	-0.0114	0.0599	-0.1309	0.0259	0.0131	-0.1041	-0.0367	0.0537	0.1411	0.0185	-0.0156	0.0832	0.0278	0.077	18.2968	11.6416	42.0154
7	1.6674	-0.3913	0.1436	2.6179	-0.131	1.6033	0.0065	-0.0796	0.0197	0.0565	-0.0115	0.1635	0.2809	-0.262	0.005	0.1042	-0.0837	0.0129	0.1003	0.0259	0.0666	12.1129	-8.7319	69.211
8	1.7394	1.1629	0.2246	1.8635	0.9379	1.3422	-0.0144	-0.0544	0.0209	-0.1317	-0.0352	-0.0101	0.0836	-0.0408	0.0496	0.1558	-0.0221	0.0098	0.0591	0.0588	0.1443	18.418	-7.7989	65.8169
9	5.2623	3.9669	-5.8916	3.3494	-7.411	31.1629	0.0125	-0.0995	-0.5041	-0.4727	-0.6519	-0.5986	0.8622	0.0404	0.6394	0.222	-0.0043	0.0305	0.071	0.0685	0.1796	16.2097	-12.1603	51.7876
10	2.9869	-0.0039	0.07	3.0257	0.0939	0.443	0.042	-0.1576	0.0701	0.241	-0.0709	-0.0246	0.013	0.013	0.0289	0.0727	-0.0203	-0.0012	0.0933	0.0045	0.0755	28.6166	8.4175	72.1871
11	27.9888	23.9088	-1.4574	56.0935	-19.8298	15.646	-1.1592	1.0405	-1.7083	-1.2252	-0.3205	-3.7656	0.3637	1.0935	1.4796	0.2518	-0.1125	0.042	0.4891	-0.1589	0.4915	45.5887	-1.7525	67.1068
12	2.3118	1.0011	-0.2275	2.5647	-0.1353	0.5872	-0.0261	0.0482	0.0781	0.0414	0.0281	-0.0055	-0.0125	-0.01	-0.002	0.0682	-0.0192	-0.0244	0.1	0.007	0.1212	30.228	11.153	67.4096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 44	1 - 44
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	45 - 133	45 - 133
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	134 - 142	134 - 142
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	1 - 40	1 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	41 - 51	41 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	52 - 146	52 - 146
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	1 - 81	1 - 81
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	82 - 134	82 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	135 - 142	135 - 142
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	1 - 41	1 - 41
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	42 - 51	42 - 51
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	52 - 146	52 - 146

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)