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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bir | ||||||
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タイトル | DISECTING HISTIDINE INTERACTIONS IN RIBONUCLEASE T1 BY ASN AND GLN SUBSTITUTIONS | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE T1 | ||||||
![]() | ENDONUCLEASE / HYDROLASE / RIBONUCLEASE T1 / MUTATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() hyphal tip / ribonuclease T1 activity / ribonuclease T1 / cell septum / endonuclease activity / lyase activity / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Doumen, J. / Steyaert, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Dissecting histidine interactions of ribonuclease T1 with asparagine and glutamine replacements: analysis of double mutant cycles at one position. 著者: De Vos, S. / Doumen, J. / Langhorst, U. / Steyaert, J. #1: ![]() タイトル: His92Ala Mutation in Ribonuclease T1 Induces Segmental Flexibility. An X-Ray Study 著者: Koellner, G. / Choe, H.W. / Heinemann, U. / Grunert, H.P. / Zouni, A. / Hahn, U. / Saenger, W. #2: ![]() タイトル: Three-Dimensional Structure of the Ribonuclease T1 2'-Gmp Complex at 1.9-A Resolution 著者: Arni, R. / Heinemann, U. / Tokuoka, R. / Saenger, W. #3: ![]() タイトル: Specific Protein-Nucleic Acid Recognition in Ribonuclease T1-2'-Guanylic Acid Complex. An X-Ray Study 著者: Heinemann, U. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 33.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 455.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11070.650 Da / 分子数: 1 / 変異: H92N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-2GP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.2 詳細: VAPOR DIFFUSION, NAOAC PH 4.2, 20 MG/ML PROTEIN, 45 % MPD 2.5 MM CACL2, 20 MM GPS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月6日 / 詳細: DUAL SLITS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→10 Å / Num. obs: 4313 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Rsym value: 0.107 / Net I/σ(I): 5.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 50 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 8680 / % possible obs: 98.8 % / Num. measured all: 28974 / Rmerge(I) obs: 0.107 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.85 Å / % possible obs: 95.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1BIR 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 15.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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