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万見
- PDB-3bhb: Crystal Structure of KMD Phosphopeptide Bound to Human Class I MH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bhb
タイトルCrystal Structure of KMD Phosphopeptide Bound to Human Class I MHC HLA-A2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • decameric peptide from NEDD4-binding protein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / PHOSPHOSERINE / PHOSPHOPEPTIDE / MHC / HLA-A2 / ANCHOR RESIDUE / TUMOR ANTIGEN / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / IMMUNE RESPONSE / MHC I / POLYMORPHISM / TRANSMEMBRANE / UBL CONJUGATION / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / PHOSPHOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / 加水分解酵素 / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...ATP-dependent polydeoxyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / 加水分解酵素 / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / DNA endonuclease activity / ubiquitin binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / endonuclease activity / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1771 / NEDD4-binding protein 2, CUE domain / Domain of unknown function (DUF1771) / DUF1771 / : / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain superfamily / Smr domain / Smr domain profile. ...Domain of unknown function DUF1771 / NEDD4-binding protein 2, CUE domain / Domain of unknown function (DUF1771) / DUF1771 / : / Smr domain / Small MutS-related domain / Smr domain superfamily / Smr domain / Smr domain profile. / Ubiquitin system component CUE / CUE domain profile. / AAA domain / UBA-like superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / NEDD4-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mohammed, F. / Cobbold, M. / Zarling, A.L. / Salim, M. / Barrett-Wilt, G.A. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Engelhard, V.H. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Phosphorylation-dependent interaction between antigenic peptides and MHC class I: a molecular basis for the presentation of transformed self
著者: Mohammed, F. / Cobbold, M. / Zarling, A.L. / Salim, M. / Barrett-Wilt, G.A. / Shabanowitz, J. / Hunt, D.F. / Engelhard, V.H. / Willcox, B.E.
履歴
登録2007年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: decameric peptide from NEDD4-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7314
ポリマ－44,6693
非ポリマー621
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.100, 80.200, 57.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31725.088 Da / 分子数: 1 / 断片: Alpha-1, Alpha-2, Alpha-3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11635.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド decameric peptide from NEDD4-binding protein 2 / N4BP2 / BCL-3-binding protein


分子量: 1308.437 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 129-138 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: COMMERCIAL SYNTHESIS / 参照: UniProt: Q86UW6
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% POLYACRYLIC ACID, 0.1M HEPES, 0.09M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: SATURN / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 22776 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 22.438 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 16.55
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.30.3334.810362223075.6
2.3-2.40.319512908232193.1
2.4-2.50.3197.622867207799.8
2.5-2.70.2679.337787331299.8
2.7-30.19412.639704345599.7
3-40.09123.761881540399.7
4-50.05734.221918194599.4
5-60.05732.89774853100
6-100.05133.51080395098.8
100.03444.4248723086.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→19.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1105 4.7 %random
Rwork0.226 ---
obs-22724 96.1 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 15.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.602 Å20 Å2-0.173 Å2
2--2.854 Å20 Å2
3----1.252 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3143 0 4 119 3266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1931.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0152
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.972.5
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.57
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1edo.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3protein.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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