PDB-3bgi: Thiopurine S-Methyltransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bgi

タイトル

Thiopurine S-Methyltransferase

要素

Thiopurine S-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Methyltransferase / Cytoplasm / S-adenosyl-L-methionine

機能・相同性

機能・相同性情報

thiopurine S-methyltransferase / thiopurine S-methyltransferase activity / Methylation / Azathioprine ADME / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Peng, Y. / Yee, V.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural Basis of Substrate Recognition in Thiopurine S-Methyltransferase
著者: Peng, Y. / Feng, Q. / Wilk, D. / Adjei, A.A. / Salavaggione, O.E. / Weinshilboum, R.M. / Yee, V.C.

履歴

登録	2007年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bgi.cif.gz	117.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bgi.ent.gz	90.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bgi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bgi_validation.pdf.gz	1005.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bgi_full_validation.pdf.gz	1015.2 KB	表示
XML形式データ	3bgi_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3bgi_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bgi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bgdC 3bke PDB 未公開エントリ 3bko PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gb4-1 2gb4-2 3nz6-d 4wcj-d 4ue9-d 4ixf-d 5je1-1 4k60-d 7jmb-2 5ufm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thiopurine S-methyltransferase

B: Thiopurine S-methyltransferase

ヘテロ分子

60.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Thiopurine S-methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Thiopurine S-methyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
30.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.908, 65.513, 72.897
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.29, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thiopurine S-methyltransferase / Thiopurine methyltransferase 分子量: 29796.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tpmt / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O55060, thiopurine S-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 20% PEG3350, 0.2M potassium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月17日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 49848 / Num. obs: 49101 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 31.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.341 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 2.517 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22071	2483	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18735	-	-	-
obs	0.18908	46591	98.55 %	-
all	-	49796	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.268 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.93 Å²	0 Å²	-0.25 Å²
2-	-	1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3746	0	52	456	4254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.44	1.97	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.965	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.895	23.804	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.275	15	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.723	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.3	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.5	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.5	639
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.3	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.224	0.5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.548	2	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.427	3	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.464	2	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.157	3	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	169	-
R_work	0.221	3396	-
obs	-	-	97.35 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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