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万見
- PDB-3bg9: Crystal Structure of Human Pyruvate Carboxylase (missing the biot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bg9
タイトルCrystal Structure of Human Pyruvate Carboxylase (missing the biotin carboxylase domain at the N-terminus) F1077A Mutant
要素Pyruvate carboxylase, mitochondrial
キーワードLIGASE / TIM barrel / ATP-binding / Biotin / Disease mutation / Gluconeogenesis / Lipid synthesis / Manganese / Mitochondrion / Multifunctional enzyme / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / pyruvate carboxylase activity / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP+ metabolic process / host-mediated activation of viral process / Pyruvate metabolism / Gluconeogenesis / : ...pyruvate carboxylase / Defective HLCS causes multiple carboxylase deficiency / pyruvate carboxylase activity / Biotin transport and metabolism / viral RNA genome packaging / NADP+ metabolic process / host-mediated activation of viral process / Pyruvate metabolism / Gluconeogenesis / : / pyruvate metabolic process / biotin binding / viral release from host cell / gluconeogenesis / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / negative regulation of gene expression / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. ...pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Cyclin A; domain 1 / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / Homeodomain-like / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Arc Repressor Mutant, subunit A / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Pyruvate carboxylase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Xiang, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of human and Staphylococcus aureus pyruvate carboxylase and molecular insights into the carboxyltransfer reaction.
著者: Xiang, S. / Tong, L.
履歴
登録2007年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
B: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
C: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
D: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,1018
ポリマ－314,8814
非ポリマー2204
水00
1
A: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
B: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5504
ポリマ－157,4402
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
手法PISA
2
C: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
D: Pyruvate carboxylase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,5504
ポリマ－157,4402
非ポリマー1102
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.540, 107.540, 524.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate carboxylase, mitochondrial / Pyruvic carboxylase / PCB


分子量: 78720.219 Da / 分子数: 4 / 断片: CT+PT+BCCP Domain / 変異: F1077A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: P11498, pyruvate carboxylase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 200 mM ammonium tartrate, 15% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: hemihedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.366
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 63377 / Num. obs: 63285 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 6348 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30 Å / σ(F): 5108 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The crystal is twinned, and twinned refinement was carried out by CNS. The twin operator = -h,-k,l; and twin fraction = 0.369
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 2799 3.9 %RANDOM
Rwork0.189 ---
all0.189 71992 --
obs0.189 58177 80.8 %-
溶媒の処理Bsol: 17.785 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 47.426 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.169 Å2-13.72 Å20 Å2
2---5.169 Å20 Å2
3---10.337 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18512 0 4 0 18516
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0095981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.436932
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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