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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bfo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ig-like C2-type 2 domain of the human Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 | ||||||
要素 | Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 (Isoform 2) | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Immunoglobulin domain / Nucleus / Protease / Ubl conjugation pathway / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative splicing / Chromosomal rearrangement / Cytoplasm | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / B cell activation ...polkadots / B-1 B cell differentiation / positive regulation of T-helper 17 cell differentiation / CBM complex / regulation of T cell receptor signaling pathway / response to fungus / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / CLEC7A/inflammasome pathway / nuclear export / B cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / small molecule binding / T cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of protein ubiquitination / Activation of NF-kappaB in B cells / positive regulation of T cell cytokine production / CLEC7A (Dectin-1) signaling / fibrillar center / defense response / FCERI mediated NF-kB activation / ubiquitin-protein transferase activity / : / Downstream TCR signaling / peptidase activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protease binding / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / innate immune response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, J.R. / Akutsu, M. / Littler, D.R. / Li, Y. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of the Ig-like C2-type 2 domain of the human Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1. 著者: Walker, J.R. / Akutsu, M. / Littler, D.R. / Li, Y. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bfo.cif.gz | 174.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bfo.ent.gz | 141.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bfo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bfo_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bfo_full_validation.pdf.gz | 458.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bfo_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bfo_validation.cif.gz | 29.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/3bfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/3bfo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10515.014 Da / 分子数: 4 断片: Ig-like C2-type 2 domain: Residues 226-314 of Isoform 2 (Q9UDY8-2) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MALT1, MLT / プラスミド: pET28a-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UDY8, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1:1 volume ratio of protein solution (50 mg/mL) and reservoir solution (30% PEG MME 550, 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月5日 / 詳細: Rh coated Si monochromatic mirrors |
放射 | モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→25 Å / Num. all: 103829 / Num. obs: 103829 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique all: 10043 / Rsym value: 0.651 / % possible all: 91.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 1U2H, 2AW2, 1CS6 解像度: 1.15→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.486 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.976 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
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