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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bfg | ||||||
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タイトル | class A beta-lactamase SED-G238C complexed with meropenem | ||||||
![]() | Class A beta-lactamase Sed1 | ||||||
![]() | HYDROLASE / BETA-LACTAMASE / CLASS A / SED-G238C / MEROPENEM / ACYL-ENZYME | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pernot, L. / Petrella, S. / Sougakoff, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: acyl-intermediate structures of the class A beta-lactamase SED-G238C 著者: Pernot, L. / Petrella, S. / Sougakoff, W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction study of the class A beta-lactamase SED-1 and its mutant SED-G238C from Citrobacter sedlakii 著者: Petrella, S. / Pernot, L. / Sougakoff, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 180.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 50.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 71.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28330.221 Da / 分子数: 4 / 断片: SED-G238C, UNP residues 34-295 / 変異: G238C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2596 / 遺伝子: bla-SED-1 / プラスミド: pET29a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MER / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THIS COORDINATES IS USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. THREE NUMBERS, 58, 239, AND 253 WERE ...THIS COORDINATE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 35% PEG MME 2000, 200mM KSCN, 100mM SODIUM CACODYLATE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.984 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→34.1 Å / Num. all: 75348 / Num. obs: 75348 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 10.3 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8338 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 70.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3BFD 解像度: 2→34.1 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→34.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
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