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- PDB-3beo: A Structural Basis for the allosteric regulation of non-hydrolyzi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3beo
タイトルA Structural Basis for the allosteric regulation of non-hydrolyzing UDP-GlcNAc 2-epimerases
要素UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
キーワードISOMERASE / epimerase / UDP-GlcNAc / allosteric / regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Velloso, L.M. / Bhaskaran, S.S. / Schuch, R. / Fischetti, V.A. / Stebbins, C.E.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: A structural basis for the allosteric regulation of non-hydrolysing UDP-GlcNAc 2-epimerases.
著者: Velloso, L.M. / Bhaskaran, S.S. / Schuch, R. / Fischetti, V.A. / Stebbins, C.E.
履歴
登録2007年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,1116
ポリマ－84,0882
非ポリマー2,0234
水10,395577
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.404, 188.165, 61.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALTHRTHR1AA-1 - 1853 - 189
211VALVALTHRTHR1BB-1 - 1853 - 189
121VALVALGLUGLU6AA186 - 196190 - 200
221VALVALGLUGLU6BB186 - 196190 - 200
131LYSLYSLYSLYS1AA197 - 371201 - 375
231LYSLYSLYSLYS1BB197 - 371201 - 375
112UD1UD1UD1UD14AC372
212UD1UD1UD1UD14BE372
113UDPUDPUDPUDP4AD1081
213UDPUDPUDPUDP4BF1081

NCSアンサンブル:
ID詳細
1A B
2A B
3A B

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase


分子量: 42043.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q81K32, UniProt: A0A348ACF3*PLUS, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-UD1 / URIDINE-DIPHOSPHATE-N-ACETYLGLUCOSAMINE / UDP-GlcNAc


分子量: 607.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H27N3O17P2
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 4000-6000, 100mM Tris-HCl, 0.2M Li2SO4, pH 8.5, Hanging drop, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.7→60 Å / Num. all: 107005 / Num. obs: 107005 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0.001 / Observed criterion σ(I): 0.001 / Rsym value: 0.087
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 7332 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 1.7→43.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 4.308 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 5305 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 106401 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-0.12 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 128 577 6601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226127
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.75728322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09310112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2175746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.84824.444270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.505151092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8831542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.24462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.22929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23033
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3520.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3130.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6711.54874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8011.51503
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.01126087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.35232651
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.364.52235
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
14814TIGHT POSITIONAL0.030.05
256MEDIUM POSITIONAL0.050.5
334MEDIUM POSITIONAL0.30.5
1137LOOSE POSITIONAL0.195
14814TIGHT THERMAL0.180.5
256MEDIUM THERMAL0.752
334MEDIUM THERMAL0.632
1137LOOSE THERMAL1.9210
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 419 -
Rwork0.244 7332 -
all-7751 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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