ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | CNS | 1.1 | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.004 | データ抽出 | | CrystalClear | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 開始モデル: 3BCI 解像度: 1.81→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.255 | 2353 | 9.4 % | random |
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Rwork | 0.243 | - | - | - |
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all | - | 24956 | - | - |
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obs | - | 23690 | 94.9 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 52.947 Å2 / ksol: 0.291453 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso max: 71.6 Å2 / Biso mean: 32.256 Å2 / Biso min: 19.51 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.799 Å2 | -2.724 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.799 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 7.598 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.24 Å | 0.22 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.19 Å | 0.18 Å |
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Luzzati d res high | - | 1.81 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→10 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1388 | 0 | 0 | 225 | 1613 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_torsion_deg21.7 | X-RAY DIFFRACTION | c_torsion_impr_deg0.76 | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | % reflection Rfree (%) | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Rfactor Rfree error | Num. reflection all | Num. reflection obs | % reflection obs (%) |
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1.81-1.89 | 0.408 | 244 | 10 | 0.399 | 2208 | 0.026 | 3091 | 2452 | 79.3 | 1.89-1.99 | 0.272 | 301 | 10.1 | 0.269 | 2668 | 0.016 | 3126 | 2969 | 94.9 | 1.99-2.11 | 0.259 | 304 | 9.9 | 0.229 | 2777 | 0.015 | 3109 | 3081 | 99.1 | 2.11-2.28 | 0.243 | 308 | 10 | 0.227 | 2787 | 0.014 | 3117 | 3095 | 99.3 | 2.28-2.5 | 0.261 | 308 | 9.9 | 0.224 | 2795 | 0.015 | 3136 | 3103 | 98.9 | 2.5-2.86 | 0.245 | 283 | 9.2 | 0.231 | 2781 | 0.015 | 3105 | 3064 | 98.7 | 2.86-3.57 | 0.242 | 284 | 9.4 | 0.239 | 2738 | 0.014 | 3140 | 3022 | 96.2 | 3.57-9.99 | 0.254 | 321 | 11.1 | 0.248 | 2583 | 0.014 | 3165 | 2904 | 91.8 |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | carbohydrate.paramcarbohydrate.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | water.param | | | | | |
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