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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bd0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Memo, form II | ||||||
![]() | Protein MEMO1 | ||||||
![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / alpha/beta structure | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of microtubule-based process / ERBB2 Regulates Cell Motility / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiu, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Memo Is Homologous to Nonheme Iron Dioxygenases and Binds an ErbB2-derived Phosphopeptide in Its Vestigial Active Site. 著者: Qiu, C. / Lienhard, S. / Hynes, N.E. / Badache, A. / Leahy, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 233.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 42 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 5 - 297 / Label seq-ID: 1 - 293
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33284.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PEG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Crystal was grown in 22.5% PEG 3350, 0.1 M MES pH 5.5. Soaked in 5 mM ZnCl2, 22.5% PEG 3350 pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97989 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→30 Å / Num. obs: 24559 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 3.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3BCZ 解像度: 3.01→29.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 21.523 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.546 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.753 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.01→29.68 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.01→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
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