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万見
- PDB-3bcj: Crystal structure of Aldose Reductase complexed with 2S4R (Stereo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bcj
タイトルCrystal structure of Aldose Reductase complexed with 2S4R (Stereoisomer of Fidarestat, 2S4S) at 0.78 A
要素Aldose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-Keto Reductases / Diabetes / Drug Design / Polyl Pathway / Acetylation / Cataract / Cytoplasm / NADP / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase ...glyceraldehyde oxidoreductase activity / Fructose biosynthesis / fructose biosynthetic process / L-glucuronate reductase activity / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / C21-steroid hormone biosynthetic process / Pregnenolone biosynthesis / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / metanephric collecting duct development / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / regulation of urine volume / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / renal water homeostasis / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / epithelial cell maturation / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cellular hyperosmotic salinity response / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Chem-FIS / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.78 Å
データ登録者Zhao, H.T. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Unusual Binding Mode of the 2S4R Stereoisomer of the Potent Aldose Reductase Cyclic Imide Inhibitor Fidarestat (2S4S) in the 15 K Crystal Structure of the Ternary Complex Refined at 0. ...タイトル: Unusual Binding Mode of the 2S4R Stereoisomer of the Potent Aldose Reductase Cyclic Imide Inhibitor Fidarestat (2S4S) in the 15 K Crystal Structure of the Ternary Complex Refined at 0.78 A Resolution: Implications for the Inhibition Mechanism
著者: Zhao, H.T. / Hazemann, I. / Mitschler, A. / Carbone, V. / Joachimiak, A. / Ginell, S. / Podjarny, A. / El-Kabbani, O.
履歴
登録2007年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1134
ポリマ－35,8981
非ポリマー1,2153
水12,322684
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.200, 66.642, 47.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aldose reductase / AR / Aldehyde reductase


分子量: 35898.340 Da / 分子数: 1 / 断片: Human Aldose Reductase / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P15121, aldose reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-FIS / (2S,4R)-2-AMINOFORMYL-6-FLUORO-SPIRO[CHROMAN-4,4'-IMIDAZOLIDINE]-2',5'-DIONE / FIDARESTAT(STEREOISOMER) / (2S,4R)-6-フルオロ-2′,5′-ジオキソスピロ[2H-1-ベンゾピラン-4(3H),4′-イミダゾリジン]-(以下略)


分子量: 279.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10FN3O4 / コメント: 阻害剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細FOR THIS CONFLICT, REFER TO REFERENCE 2 IN THE DATABASE, ALDR_HUMAN, P15121

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, AMMONIUM CITRATE, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月1日
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.78→99 Å / Num. all: 345646 / Num. obs: 336314 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.12 %
反射 シェル解像度: 0.78→0.81 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique all: 325713 / % possible all: 93.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PWN

1pwn
PDB 未公開エントリ


解像度: 0.78→10 Å / Num. parameters: 32941 / Num. restraintsaints: 8836 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The close contacts are due to either double conformation of amino acid side chains or partial occupancies by water molecules observed at very high resolution.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.11 16809 5 %
Rwork0.1 --
all0.1011 319354 -
obs0.1054 295402 92.5 %
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.031 Å / Num. disordered residues: 109 / Occupancy sum hydrogen: 2435.26 / Occupancy sum non hydrogen: 3204.13
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.78→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2886 0 81 687 3654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0313
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.111
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.119
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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