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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bce | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ErbB4 kinase | ||||||
![]() | Receptor tyrosine-protein kinase erbB-4 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / active conformation / ATP-binding / Glycoprotein / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Receptor / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / neuregulin receptor activity / cardiac muscle tissue regeneration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / GABA receptor binding ...establishment of planar polarity involved in nephron morphogenesis / ERBB4 signaling pathway / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / olfactory bulb interneuron differentiation / central nervous system morphogenesis / neuregulin receptor activity / cardiac muscle tissue regeneration / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / GABA receptor binding / PI3K events in ERBB4 signaling / mammary gland epithelial cell differentiation / embryonic pattern specification / positive regulation of protein localization to cell surface / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / neural crest cell migration / epidermal growth factor receptor activity / epidermal growth factor receptor binding / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Signaling by ERBB4 / ERBB2 Regulates Cell Motility / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Long-term potentiation / PI3K events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB4 signaling / GABA-ergic synapse / mammary gland alveolus development / cell fate commitment / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / regulation of cell migration / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / synapse assembly / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Downregulation of ERBB4 signaling / lactation / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / neurogenesis / postsynaptic density membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / Downregulation of ERBB2 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / presynaptic membrane / nervous system development / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / protein tyrosine kinase activity / Estrogen-dependent gene expression / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / protein homodimerization activity / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qiu, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of Activation and Inhibition of the HER4/ErbB4 Kinase. 著者: Qiu, C. / Tarrant, M.K. / Choi, S.H. / Sathyamurthy, A. / Bose, R. / Banjade, S. / Pal, A. / Bornmann, W.G. / Lemmon, M.A. / Cole, P.A. / Leahy, D.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 478.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 47.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 678 - 965 / Label seq-ID: 2 - 289
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37491.457 Da / 分子数: 3 / 断片: ErbB4 kinase domain (UNP residues 702-1029) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q15303, receptor protein-tyrosine kinase #2: 化合物 | ChemComp-MN / | #3: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% PEG3350, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97893 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 34855 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 6.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 19.619 / SU ML: 0.216 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.612 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.211 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2259 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.502→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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