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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bbi | ||||||
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タイトル | Minimally Junctioned Hairpin Ribozyme Incorporating A38(2AP) and A-1 2'-O-Me Modifications near Active Site | ||||||
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![]() | RNA / hairpin ribozyme / 2-aminopurine / 2'O-methyl / phosphoryl transfer / linker | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | MacElrevey, C. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural effects of nucleobase variations at key active site residue Ade38 in the hairpin ribozyme. 著者: MacElrevey, C. / Salter, J.D. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 3種, 3分子 ABC
#1: RNA鎖 | 分子量: 4066.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: solid phase chemical synthesis at Dharmacon, Colorado |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 9762.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: solid phase chemical synthesis at Dharmacon, Colorado |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / Mutation: A38(2AP), U39C / 由来タイプ: 合成 詳細: solid phase chemical synthesis at Dharmacon, Colorado |
-非ポリマー , 3種, 59分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 2K MME, lithium sulfate, HEPES, spermidine, cobalt hexaammine, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月26日 / 詳細: Osmic confocal blue |
放射 | モノクロメーター: osmic confocal blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→23.31 Å / Num. all: 14797 / Num. obs: 14740 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 108 Å2 / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1433 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2OUE 解像度: 2.35→23.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 785211.37 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: alternate conformations in chain A at resi 1 and resi 5
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→23.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 4
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Xplor file |
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