PDB-3bba: Structure of active wild-type Prevotella intermedia interpain A c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bba

タイトル

Structure of active wild-type Prevotella intermedia interpain A cysteine protease

要素

interpain A

キーワード

HYDROLASE / Prevotella intermedia / zymogen activation / cysteine protease

機能・相同性

機能・相同性情報

cysteine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Prevotella intermedia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Mallorqui-Fernandez, N. / Manandhar, S.P. / Mallorqui-Fernandez, G. / Uson, I. / Wawrzonek, K. / Kantyka, T. / Sola, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A New Autocatalytic Activation Mechanism for Cysteine Proteases Revealed by Prevotella intermedia Interpain A
著者: Mallorqui-Fernandez, N. / Manandhar, S.P. / Mallorqui-Fernandez, G. / Uson, I. / Wawrzonek, K. / Kantyka, T. / Sola, M. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Potempa, J. / Gomis-Ruth, F.X.

履歴

登録	2007年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bba.cif.gz	102.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bba.ent.gz	79.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bba_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bba_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	3bba_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	3bba_validation.cif.gz	24.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bb7SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4c6y-1 5vpq-2 5eph-2 1mbl-1 5iq8-3 6fxd-d 3vfh-4 1bza-d 6xwe-d 6kbz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: interpain A

B: interpain A

54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: interpain A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: interpain A

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.241, 129.241, 81.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	SER	SER	A	A	112 - 295	1 - 184
2	1	VAL	VAL	SER	SER	B	B	112 - 295	1 - 184
3	2	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	304 - 356	193 - 245
4	2	GLY	GLY	TYR	TYR	B	B	304 - 356	193 - 245

#1: タンパク質	interpain A 分子量: 27349.389 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 156-403 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Prevotella intermedia (バクテリア) 遺伝子: PIN0048 / プラスミド: pET24d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A9J7N5

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 28% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 30% xylitol, 0.1M Tris HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→47.25 Å / Num. all: 13017 / Num. obs: 13017 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 46.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.329 / Net I/σ(I): 6.2
反射シェル	解像度: 3.2→3.4 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.897 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BB7

3bb7

解像度: 3.2→47.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 60.07 / SU ML: 0.418 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.492 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26117	570	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20725	-	-	-
all	0.20977	11333	-	-
obs	0.20977	11333	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→47.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3797	0	0	0	3797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2506
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.937	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.885	3	6113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.34	5	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.599	24.743	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.952	15	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.252	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	559
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4469
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	803
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	2589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.197	0.2	2013
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.041	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.178	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.277	1.5	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.058	1.5	1025
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.378	2	3905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.654	3	1807
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.995	4.5	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1385	tight positional	0.04	0.05
1643	medium positional	0.3	0.5
1385	tight thermal	0.05	0.5
1643	medium thermal	0.28	2

LS精密化シェル

解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.434	37	-
R_work	0.376	807	-
obs	-	-	98.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7652	1.2812	-1.339	1.1702	-0.6525	2.4072	0.0125	-0.5051	-0.3515	-0.1841	-0.0401	-0.1124	0.1311	0.0121	0.0276	-0.1776	-0.2475	-0.0338	0.0154	0.0994	-0.1488	52.3586	89.7733	38.5684
2	17.0701	0.8676	4.8906	4.0981	-0.601	46.0286	0.4178	0.6747	-0.6147	-1.1817	0.4531	-0.1448	-1.8522	0.1862	-0.8709	0.1766	-0.4431	-0.1053	0.1243	-0.0658	0.0471	36.3889	86.2429	22.5994
3	3.9154	-0.3009	0.0927	3.0962	-1.8269	3.8774	-0.1889	-0.4282	-0.2661	0.1133	-0.1698	-0.3401	-0.2577	0.3104	0.3587	-0.3646	-0.0927	0.0659	-0.2776	0.1013	-0.2612	16.2411	76.8492	50.5481
4	23.5051	-18.6893	10.5913	24.0685	25.562	130.1881	3.2547	-1.9142	1.9312	-0.337	-3.2001	-3.6536	-3.4354	-4.7987	-0.0546	0.7618	-0.7745	0.02	0.5132	0.0025	0.3413	13.0331	89.8176	68.4017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	112 - 294	1 - 183
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	304 - 357	193 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	295 - 303	184 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	112 - 294	1 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	304 - 361	193 - 250
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	295 - 303	184 - 192

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