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- PDB-3bal: Crystal Structure of an Acetylacetone Dioxygenase from Acinetobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bal
タイトルCrystal Structure of an Acetylacetone Dioxygenase from Acinetobacter johnsonii
要素Acetylacetone-cleaving enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / JELLY ROLL / TETRAMER / Dioxygenase / Iron / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylacetone-cleaving enzyme / acetylacetone-cleaving enzyme activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ChrR-like cupin domain / ChrR Cupin-like domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylacetone-cleaving enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter johnsonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stranzl, G.R. / Wagner, U.G. / Straganz, G. / Steiner, W. / Kratky, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Acetylacetone Dioxygenase from Acinetobacter johnsonii
著者: Stranzl, G.R. / Wagner, U.G. / Straganz, G. / Steiner, W. / Kratky, C.
履歴
登録2007年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylacetone-cleaving enzyme
B: Acetylacetone-cleaving enzyme
C: Acetylacetone-cleaving enzyme
D: Acetylacetone-cleaving enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,7478
ポリマ－66,4854
非ポリマー2624
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12890 Å2
ΔGint-208 kcal/mol
Surface area22900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.200, 57.200, 62.930
Angle α, β, γ (deg.)69.850, 74.320, 69.710
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Acetylacetone-cleaving enzyme / Acetylacetone dioxygenase / Diketone cleaving dioxygenase / Diketone cleaving enzyme


分子量: 16621.279 Da / 分子数: 4 / 断片: ACETYLACETONE DIOXYGENASE / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Acinetobacter johnsonii (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8GNT2, acetylacetone-cleaving enzyme
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris HCl, 40% PEG 3350, 0.2M Sodium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1310.8033
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7A21.0000, 1.2847, 1.2840
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2001年6月24日
MAR CCD 165 mm2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.80331
211
31.28471
41.2841
ReflectionAv σ(I) over netI: 13.1 / 数: 104251 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.15 / D res high: 1.95 Å / D res low: 25 Å / Num. obs: 36543 / % possible obs: 96.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.82598.710.0381.506
3.814.898.610.0371.26
3.333.8198.210.0431.235
3.033.3397.810.0471.205
2.813.0397.210.0521.255
2.652.8197.110.0571.207
2.512.6596.510.0621.085
2.42.5196.210.0741.174
2.312.49610.0771.119
2.232.3195.610.0881.139
2.162.2395.810.0941.066
2.12.1694.910.0971.005
2.052.194.710.1151.051
22.0594.510.1230.991
1.9529410.1440.901
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 37241 / % possible obs: 97.8 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.113 / Num. unique all: 2245 / Χ2: 0.613 / % possible all: 88.2

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 1.9 Å / D res low: 25 Å / FOM : 0.39 / 反射: 36273
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength11.2844.82-6.76
13 wavelength21.28470.47-7.26
13 wavelength312.64-1.53
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1LAM1150.999011.039
2LAM1150.9590.3920.4241.085
3LAM1150.0080.4970.9821.125
4LAM1150.520.9150.3461.016
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
6.77-250.61823
4.3-6.770.493200
3.37-4.30.454074
2.86-3.370.484764
2.53-2.860.435319
2.29-2.530.375890
2.11-2.290.286215
1.96-2.110.224988
Phasing dmFOM : 0 / FOM acentric: 0 / FOM centric: 0 / Reflection acentric: 0 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)
5.5-24.576
3.4-5.5
2.7-3.4
2.4-2.7
2.1-2.4
1.9-2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE1.18位相決定
RESOLVE1.05位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→25 Å / FOM work R set: 0.9 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 3684 0 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-36795 96.6 %-
溶媒の処理Bsol: 49.042 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 20.486 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.661 Å2-0.318 Å20.995 Å2
2--3.321 Å2-1.201 Å2
3---2.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4588 0 4 461 5053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.336
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1211.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8452
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7722
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.6942.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5but.parambut.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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