PDB-3b9x: Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b9x

タイトル

Crystal structure of the E. coli pyrimidine nucleoside hydrolase YeiK in complex with inosine

要素

Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihB

キーワード

HYDROLASE / Open (alpha / beta) structure / NH-fold / enzyme-substrate complex / protein-nucleoside complex / Glycosidase / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosylpyrimidine nucleosidase / pyrimidine ribonucleoside catabolic process / uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / purine nucleoside catabolic process / protein homotetramerization / calcium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Iovane, E. / Degano, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural basis for substrate specificity in group I nucleoside hydrolases
著者: Iovane, E. / Giabbai, B. / Muzzolini, L. / Matafora, V. / Fornili, A. / Minici, C. / Giannese, F. / Degano, M.

履歴

登録	2007年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b9x.cif.gz	247 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b9x.ent.gz	195 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b9x_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b9x_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3b9x_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	3b9x_validation.cif.gz	65 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/3b9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1q8fS 2mas S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1q8f-d 4k3y-d 3mkm-d 3g5i-d 1yoe-4 6a1a-1 6a0y-1 4mc7-d 4fvk-1 5uqg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihB

B: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihB

C: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihB

D: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihB

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.112, 82.406, 90.163
Angle α, β, γ (deg.)	67.90, 79.59, 89.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	VAL	VAL	1	A	A	3 - 77	23 - 97
2	1	LYS	LYS	VAL	VAL	1	B	B	3 - 77	23 - 97
3	1	LYS	LYS	VAL	VAL	1	C	C	3 - 77	23 - 97
4	1	LYS	LYS	VAL	VAL	1	D	D	3 - 77	23 - 97
5	2	HIS	HIS	ILE	ILE	1	A	A	239 - 310	259 - 330
6	2	HIS	HIS	ILE	ILE	1	B	B	239 - 310	259 - 330
7	2	HIS	HIS	TYR	TYR	1	C	C	239 - 309	259 - 329
8	2	HIS	HIS	ILE	ILE	1	D	D	239 - 310	259 - 330
9	3	ASN	ASN	VAL	VAL	4	A	A	221 - 238	241 - 258
10	3	ASN	ASN	VAL	VAL	4	B	B	221 - 238	241 - 258
11	3	PRO	PRO	VAL	VAL	4	C	C	237 - 238	257 - 258
12	3	ASN	ASN	VAL	VAL	4	D	D	221 - 238	241 - 258
13	4	VAL	VAL	MET	MET	1	A	A	201 - 220	221 - 240
14	4	VAL	VAL	MET	MET	1	B	B	201 - 220	221 - 240
15	4	VAL	VAL	ASP	ASP	1	C	C	201 - 218	221 - 238
16	4	VAL	VAL	MET	MET	1	D	D	201 - 220	221 - 240
17	5	ALA	ALA	SER	SER	6	A	A	78 - 101	98 - 121
18	5	ALA	ALA	SER	SER	6	B	B	78 - 101	98 - 121
19	5	ALA	ALA	SER	SER	6	C	C	78 - 101	98 - 121
20	5	ALA	ALA	SER	SER	6	D	D	78 - 101	98 - 121
21	6	THR	THR	ALA	ALA	1	A	A	102 - 174	122 - 194
22	6	THR	THR	ALA	ALA	1	B	B	102 - 174	122 - 194
23	6	THR	THR	ALA	ALA	1	C	C	102 - 174	122 - 194
24	6	THR	THR	ALA	ALA	1	D	D	102 - 174	122 - 194
25	7	VAL	VAL	PRO	PRO	1	A	A	176 - 199	196 - 219
26	7	VAL	VAL	PRO	PRO	1	B	B	176 - 199	196 - 219
27	7	VAL	VAL	PRO	PRO	1	C	C	176 - 199	196 - 219
28	7	VAL	VAL	PRO	PRO	1	D	D	176 - 199	196 - 219

#1: タンパク質	Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase rihB / Cytidine/uridine-specific hydrolase 分子量: 35933.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rihB, yeiK / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33022, ribosylpyrimidine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン分子量: 268.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄O₅
#4: 化合物	ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₇NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS FEEL THAT THE CONFLICT REPRESENTS A MUTATION IN THE DEPOSITED SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M NaCl, 24% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月13日 / 詳細: Osmic
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 50148 / Num. obs: 50148 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 28.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / Num. unique all: 5843 / R_sym value: 0.235 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q8F

1q8f

解像度: 2.3→81.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 8.481 / SU ML: 0.205 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	1560	3.1 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	48587	95.58 %	-
all	-	48587	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	0.54 Å²	0.51 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0.02 Å²
3-	-	-	-1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→81.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9030	0	91	331	9452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	9313
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.473	1.989	12690
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.368	5	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.082	25.221	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.107	15	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.026	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	4426
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	6437
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.13	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.303	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.259	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.516	5	6160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.389	6	9696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.759	6	3585
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.728	7.5	2993
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1940	tight positional	0.06	0.05
2	B	1940	tight positional	0.06	0.05
3	C	1940	tight positional	0.06	0.05
4	D	1940	tight positional	0.05	0.05
1	A	14	medium positional	0.32	0.2
2	B	14	medium positional	0.2	0.2
3	C	14	medium positional	0.32	0.2
4	D	14	medium positional	0.13	0.2
1	A	132	loose positional	0.37	0.2
2	B	132	loose positional	0.31	0.2
3	C	132	loose positional	0.4	0.2
4	D	132	loose positional	0.41	0.2
1	A	1940	tight thermal	0.2	0.5
2	B	1940	tight thermal	0.18	0.5
3	C	1940	tight thermal	0.21	0.5
4	D	1940	tight thermal	0.18	0.5
1	A	14	medium thermal	3.77	2
2	B	14	medium thermal	1.34	2
3	C	14	medium thermal	1.76	2
4	D	14	medium thermal	1.22	2
1	A	132	loose thermal	11.33	25
2	B	132	loose thermal	5.85	25
3	C	132	loose thermal	12.33	25
4	D	132	loose thermal	5.1	25

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	90	-
R_work	0.248	3522	-
obs	-	-	92.03 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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