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- PDB-3b9v: Crystal Structure of an Autonomous VH Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9v
タイトルCrystal Structure of an Autonomous VH Domain
要素heavy chain variable domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody engineering / phage display
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Barthelemy, P.A. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Comprehensive Analysis of the Factors Contributing to the Stability and Solubility of Autonomous Human VH Domains.
著者: Barthelemy, P.A. / Raab, H. / Appleton, B.A. / Bond, C.J. / Wu, P. / Wiesmann, C. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2007年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: heavy chain variable domain
B: heavy chain variable domain
C: heavy chain variable domain
D: heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2184
ポリマ－52,2184
非ポリマー00
水7,296405
1
A: heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0541
ポリマ－13,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0541
ポリマ－13,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0541
ポリマ－13,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: heavy chain variable domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0541
ポリマ－13,0541
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.915, 54.066, 54.242
Angle α, β, γ (deg.)109.970, 95.640, 118.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
heavy chain variable domain


分子量: 13054.447 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M sodium malonate, 0.1 M Hepes, 0.5% Jeffamine ED-2001, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 40233 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.039 / Χ2: 1.326 / Net I/σ(I): 43.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 13.4 / Num. unique all: 3886 / Rsym value: 0.097 / Χ2: 0.882 / % possible all: 92.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1N8Z

1n8z


解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 4.358 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 2023 5 %RANDOM
Rwork0.155 ---
obs0.157 38187 95.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.485 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å2-0.1 Å20.38 Å2
2---0.5 Å20.1 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3617 0 0 405 4022
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.935115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8773.0036036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1435485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.36422.917168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.35915565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.41528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2110.22449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22161
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0340.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0920.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2740.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.752.52949
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7212.5998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.47253705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0062.51811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.09351400
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.837 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 113 -
Rwork0.143 2010 -
all-2123 -
obs--85.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76190.4246-0.16351.2193-0.1411.72010.0860.01860.00650.06410.04540.002-0.00790.1126-0.1313-0.03930.00830.0011-0.0251-0.0054-0.0377-13.75995.064114.8588
21.08930.11080.31851.8731-0.09861.88570.06580.008-0.0248-0.0594-0.0074-0.01070.0270.1169-0.0584-0.0540.00480.0012-0.0419-0.0027-0.04951.3647-7.4094-9.0496
30.70110.3236-0.07642.57240.06851.1335-0.01230.1326-0.00510.1153-0.01780.1581-0.0421-0.0620.0301-0.0522-0.00710.0042-0.02680.0017-0.0482-26.5016-19.769318.7838
42.0524-0.4521-0.09271.9494-0.08671.1689-0.00280.16290.00370.0077-0.10.0239-0.0105-0.02970.1028-0.0575-0.00480.0029-0.02890.0057-0.0527-11.206-31.611-5.348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1121 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1121 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1121 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1121 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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