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- PDB-3b9i: Crystal Structure of mouse GITRL at 2.5 A. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b9i
タイトルCrystal Structure of mouse GITRL at 2.5 A.
要素GITR ligand
キーワードCYTOKINE / GITRL / Glucocorticoid-Induced TNF Receptor Ligand / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly ...regulation of dendritic cell chemotaxis / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / TNFs bind their physiological receptors / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of monocyte chemotaxis / regulation of T cell proliferation / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of cell adhesion / regulation of protein-containing complex assembly / T cell proliferation involved in immune response / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / adaptive immune response / cell surface / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18 / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 18
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Evolution of GITRL immune function: murine GITRL exhibits unique structural and biochemical properties within the TNF superfamily.
著者: Chattopadhyay, K. / Ramagopal, U.A. / Brenowitz, M. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GITR ligand
B: GITR ligand


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0232
ポリマ－30,0232
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.791, 70.024, 71.654
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GITR ligand / Glucocorticoid-induced-tumor necrosis factor receptor ligand


分子量: 15011.407 Da / 分子数: 2 / 断片: TNF homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf18, Gitrl / プラスミド: pET-14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q7TS55
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% Pentaerythritol Ethoxylate(15/4 EO/OH), 0.05M Ammonium Sulfate and 0.05M Bis-Tris (pH 6.5), Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. all: 9637 / Num. obs: 9637 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.108 / Χ2: 1.174 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.49→2.59 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 923 / Rsym value: 0.487 / Χ2: 1.014 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MOLREP位相決定
精密化開始モデル: 2QDN

2qdn


解像度: 2.49→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 8.662 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.681 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 463 4.8 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.189 9608 --
obs0.189 9608 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.445 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 0 0 59 2041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9632762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6935244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78625.6182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.31515370
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021494
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.3845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.51389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.5157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.14221271
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.21232016
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3612893
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4393746
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.557 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 35 -
Rwork0.247 612 -
all-647 -
obs--93.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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