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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b7t | ||||||
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タイトル | [E296Q]LTA4H in complex with Arg-Ala-Arg substrate | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / TRANSITION STATE / ANALOGUE PEPTIDE / HYDROLYSIS / ALTERNATIVE SPLICING / CYTOPLASM / LEUKOTRIENE BIOSYNTHESIS / METAL-BINDING / METALLOPROTEASE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / PROTEASE / ZINC / TRIPEPTIDE SUBSTRATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / protein metabolic process / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / type I pneumocyte differentiation / peptide catabolic process / response to zinc ion / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / lipid metabolic process / response to peptide hormone / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Tholander, F. / Haeggstrom, J. / Thunnissen, M. / Muroya, A. / Roques, B.-P. / Fournie-Zaluski, M.-C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structure-based dissection of the active site chemistry of leukotriene a4 hydrolase: implications for m1 aminopeptidases and inhibitor design. 著者: Tholander, F. / Muroya, A. / Roques, B.P. / Fournie-Zaluski, M.C. / Thunnissen, M.M. / Haeggstrom, J.Z. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2007 タイトル: Assay for rapid analysis of the tri-peptidase activity of LTA4 hydrolase. 著者: Tholander, F. / Haeggstrom, J.Z. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004 タイトル: Leukotriene A4 hydrolase: identification of a common carboxylate recognition site for the epoxide hydrolase and aminopeptidase substrates. 著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Andberg, M. / Thunnissen, M.M. / Haeggstrom, J.Z. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase. Glutamate 271 is a catalytic residue with specific roles in two distinct enzyme mechanisms. 著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Thunnissen, M.M. / Haeggstrom, J.Z. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Leukotriene A4 hydrolase: selective abrogation of leukotriene B4 formation by mutation of aspartic acid 375. 著者: Rudberg, P.C. / Tholander, F. / Thunnissen, M.M. / Samuelsson, B. / Haeggstrom, J.Z. #5: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal structure of human leukotriene A(4) hydrolase, a bifunctional enzyme in inflammation. 著者: Thunnissen, M.M. / Nordlund, P. / Haeggstrom, J.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3b7t.cif.gz | 137.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3b7t.ent.gz | 104.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3b7t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3b7t_validation.pdf.gz | 449.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3b7t_full_validation.pdf.gz | 460.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3b7t_validation.xml.gz | 23.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3b7t_validation.cif.gz | 31.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/3b7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/3b7t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 70060.664 Da / 分子数: 1 / 変異: E296Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTA4H, LTA4 / プラスミド: pT7T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase, tripeptide aminopeptidase |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 403.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 4種, 35分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-IMD / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: liquid-liquid diffusion 詳細: TRI-PEPTIDE WAS CO-CRYSTALLIZED WITH [E296Q]LTA4H BY LIQUID-LIQUID DIFFUSION IN MELTING-POINT CAPILLARIES. A TRIS-BUFFERED (10 mM, PH 7.5) SOLUTION OF PROTEIN AND TRIPEPTIDE, MOLAR RATIO 1:10 ...詳細: TRI-PEPTIDE WAS CO-CRYSTALLIZED WITH [E296Q]LTA4H BY LIQUID-LIQUID DIFFUSION IN MELTING-POINT CAPILLARIES. A TRIS-BUFFERED (10 mM, PH 7.5) SOLUTION OF PROTEIN AND TRIPEPTIDE, MOLAR RATIO 1:10 (~70 MICROM PROTEIN), WAS LAYERED ON THE PRECIPITATE SOLUTION CONTAINING 28% (WEIGHT/VOLUME) POLYETHYLENE GLYCOL (MW 8000), 50 mM NA ACETATE, 100 mM IMIDAZOLE, PH 6.8, AND 5 MM YBCL3. CRYSTALS WERE ADDITIONALLY SOAKED IN SOLUTIONS WITH INCREASED TRI-PEPTIDE CONCENTRATION PRIOR TO DATA COLLECTION, liquid-liquid diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月5日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→43.42 Å / Num. all: 57197 / Num. obs: 57220 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Limit h max: 34 / Limit h min: 0 / Limit k max: 37 / Limit k min: 0 / Limit l max: 43 / Limit l min: -43 / Observed criterion F max: 2242927.86 / Observed criterion F min: 13.9 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 7.45 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.5 Å / 冗長度: 2.54 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. measured obs: 32893 / Num. unique all: 3665 / Num. unique obs: 12804 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: pdb entry 1H19 解像度: 2.3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.792 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 42.0763 Å2 / ksol: 0.379436 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 180.76 Å2 / Biso mean: 49.7 Å2 / Biso min: 20.13 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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