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- PDB-3b6p: Structure of TREX1 in complex with a nucleotide and inhibitor ion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6p
タイトルStructure of TREX1 in complex with a nucleotide and inhibitor ions (sodium and zinc)
要素Three prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE / TREX1 / DEDD / exonuclease / DnaQ / sodium / zinc / catalysis / inhibition / deoxy-thimidine monophosphate (dTMP) / DNA damage / DNA repair / Magnesium / Nucleus / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding ...cellular response to type I interferon / immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / immune complex formation / organ or tissue specific immune response / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / atrial cardiac muscle tissue development / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / DNA exonuclease activity / DNA modification / regulation of lipid biosynthetic process / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / heart process / lymphoid progenitor cell differentiation / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of type I interferon production / regulation of lysosome organization / 3'-5'-DNA exonuclease activity / regulation of cellular respiration / MutLalpha complex binding / regulation of tumor necrosis factor production / inflammatory response to antigenic stimulus / macrophage activation involved in immune response / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA binding, bending / regulation of metabolic process / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / WW domain binding / DNA metabolic process / regulation of innate immune response / type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / blood vessel development / nuclear replication fork / heart morphogenesis / cellular response to interferon-beta / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of innate immune response / DNA damage checkpoint signaling / determination of adult lifespan / generation of precursor metabolites and energy / cellular response to reactive oxygen species / kidney development / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / protein-DNA complex / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / regulation of gene expression / cellular response to oxidative stress / double-stranded DNA binding / regulation of inflammatory response / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / immune response / inflammatory response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brucet, M. / Querol-Audi, J. / Fita, I. / Celada, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Structural and biochemical studies of TREX1 inhibition by metals. Identification of a new active histidine conserved in DEDDh exonucleases.
著者: Brucet, M. / Querol-Audi, J. / Bertlik, K. / Lloberas, J. / Fita, I. / Celada, A.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Three prime repair exonuclease 1
B: Three prime repair exonuclease 1
C: Three prime repair exonuclease 1
D: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,33416
ポリマ－108,6924
非ポリマー1,64212
水8,485471
1
A: Three prime repair exonuclease 1
C: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1678
ポリマ－54,3462
非ポリマー8216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5060 Å2
手法PISA
2
B: Three prime repair exonuclease 1
D: Three prime repair exonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1678
ポリマ－54,3462
非ポリマー8216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.772, 81.496, 92.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.11, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 9 - 234 / Label seq-ID: 11 - 236

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 27173.010 Da / 分子数: 4 / 断片: TREX1 exonuclease, UNP residues 9-245 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / プラスミド: pETM-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystallization: 22% PEG3350, 100 mM MES pH 6.0, 200 mM Li2SO4. Soaking: 24h, 22% PEG3350, 100 mM MES pH 6.0, 50 mM Li2SO4, 200 mM Na2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月20日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 48939 / Num. obs: 48939 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 85.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2o4g

2o4g


解像度: 2.3→24.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 17.621 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.283 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28541 2155 5 %RANDOM
Rwork0.24564 ---
obs0.24765 40809 99.76 %-
all-45825 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20.07 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6736 0 92 471 7299
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0226988
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.93929544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3975868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.42923.521284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.027151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.671552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.025276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.150.23512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2840.24848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0780.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0870.214
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1070.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0650.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1151.54384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.21227100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.20532696
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3654.52444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2868 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.445
2Bloose positional0.445
3Cloose positional0.515
4Dloose positional0.395
1Aloose thermal0.4910
2Bloose thermal0.5110
3Cloose thermal0.5710
4Dloose thermal0.4910
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 156 -
Rwork0.271 2910 -
obs--98.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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