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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b6g | ||||||
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タイトル | Nucleosome core particle treated with oxaliplatin | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / nucleosome / chromatin / platinum adduct / oxaliplatin / anti-cancer / drug / Acetylation / Chromosomal protein / DNA-binding / Methylation / Nucleosome core / Nucleus / Phosphorylation / Ubl conjugation / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, B. / Davey, C.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Site selectivity of platinum anticancer therapeutics 著者: Wu, B. / Droge, P. / Davey, C.A. #1: ![]() タイトル: Solvent mediated interactions in the structure of the nucleosome core particle at 1.9 a resolution 著者: Davey, C.A. / Sargent, D.F. / Luger, K. / Maeder, A.W. / Richmond, T.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 324.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 247 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 520.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 580.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45368.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 45359.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#3: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET3d / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET3a / 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13907.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: LOC494591 / プラスミド: pET3a / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pET3a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-MN / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.71 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.45→94.072 Å / Num. obs: 28350 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 6.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 1KX5 解像度: 3.45→94.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.775 / SU B: 44.335 / SU ML: 0.761 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.011 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 190.681 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.45→94.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.45→3.54 Å / Total num. of bins used: 20
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