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- PDB-3b5t: Crystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 10 Se-Met Extrace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5t
タイトルCrystal Structure of Novel Immune-Type Receptor 10 Se-Met Extracellular Fragment Mutant N30D
要素Novel immune-type receptor 10
キーワードIMMUNE SYSTEM RECEPTOR / Immunoglobulin Variable Domain-Like Beta-Sandwich / Immune-Type Receptor / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


immune system process / response to bacterium / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Novel immune-type receptor 10
類似検索 - 構成要素
生物種Ictalurus punctatus (アメリカナマズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ostrov, D.A. / Hernandez Prada, J.A. / Haire, R.N. / Cannon, J.P. / Magis, A.T. / Bailey, K.M. / Litman, G.W.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2008
タイトル: A bony fish immunological receptor of the NITR multigene family mediates allogeneic recognition.
著者: Cannon, J.P. / Haire, R.N. / Magis, A.T. / Eason, D.D. / Winfrey, K.N. / Hernandez Prada, J.A. / Bailey, K.M. / Jakoncic, J. / Litman, G.W. / Ostrov, D.A.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月16日Group: Derived calculations / Source and taxonomy
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Novel immune-type receptor 10
B: Novel immune-type receptor 10
C: Novel immune-type receptor 10
D: Novel immune-type receptor 10
E: Novel immune-type receptor 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,4665
ポリマ－65,4665
非ポリマー00
水14,502805
1
B: Novel immune-type receptor 10
E: Novel immune-type receptor 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1862
ポリマ－26,1862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA
2
C: Novel immune-type receptor 10
D: Novel immune-type receptor 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1862
ポリマ－26,1862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
3
A: Novel immune-type receptor 10

A: Novel immune-type receptor 10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1862
ポリマ－26,1862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2660 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.305, 90.305, 137.402
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-210-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Novel immune-type receptor 10


分子量: 13093.131 Da / 分子数: 5 / 断片: Extracellular fragment / 変異: N30D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ictalurus punctatus (アメリカナマズ)
遺伝子: NITR10 / プラスミド: pET-Blue1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner / 参照: UniProt: Q8UWK5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M Na Citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月8日 / 詳細: Oxford Danfysik toroidal focusing mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 10.5 / 数: 478586 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 1 / D res high: 1.75 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 66060 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.973099.910.0463.8346.7
4.745.9710010.0342.1287.1
4.154.7410010.0311.7567.2
3.774.1510010.0331.6057.3
3.53.7710010.0341.4997.3
3.293.510010.0361.3837.4
3.133.2910010.0391.267.4
2.993.1310010.0421.1987.4
2.882.9910010.0491.1327.4
2.782.8810010.0541.0897.4
2.692.7810010.0570.9767.4
2.612.6910010.0671.0687.4
2.542.6110010.0660.947.4
2.482.5410010.0680.967.4
2.432.4810010.0660.8457.4
2.372.4310010.0740.8297.5
2.332.3710010.0780.8427.4
2.282.3310010.0820.8227.4
2.242.2899.910.11.037.4
2.22.2410010.0940.8167.5
2.172.210010.0940.7747.4
2.142.1710010.0930.7517.4
2.12.1410010.1030.7497.4
2.072.110010.1190.777.4
2.052.0710010.1390.9467.4
2.022.0510010.130.7037.4
1.992.0210010.1380.6567.4
1.971.9910010.1450.6567.4
1.951.9710010.1490.6527.4
1.931.9510010.1780.6437.5
1.911.9310010.2130.8277.4
1.891.9110010.2210.6337.4
1.871.8910010.240.6447.4
1.851.8710010.2480.5927.4
1.831.8510010.2820.6257.4
1.811.8310010.3090.5947.3
1.81.8110010.340.5656.8
1.781.810010.3470.5656.4
1.761.7810010.360.5435.8
1.751.7610010.3830.555.4
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 66060 / Num. obs: 66060 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.76 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.383 / Num. unique all: 1628 / Χ2: 0.55 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→30 Å / FOM work R set: 0.817 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 3339 5.1 %random
Rwork0.185 ---
all0.185 66060 --
obs0.185 65907 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 31.526 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.248 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.005 Å20 Å20 Å2
2--0.005 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4498 0 0 805 5303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6071.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4882
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.5612.5
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.794 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 234 -
Rwork0.222 --
obs-4556 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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