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- PDB-3b5l: Crystal Structure of a Novel Engineered Retroaldolase: RA-61 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b5l
タイトルCrystal Structure of a Novel Engineered Retroaldolase: RA-61
要素Endoxylanase
キーワードHYDROLASE / jelly roll / retroaldolase / engineered / alpha-beta / computationally designed / Glycosidase / Xylan degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / polysaccharide binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 ...Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AMMONIUM ION / Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Stoddard, B.L. / Doyle, L.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: De novo computational design of retro-aldol enzymes.
著者: Jiang, L. / Althoff, E.A. / Clemente, F.R. / Doyle, L. / Rothlisberger, D. / Zanghellini, A. / Gallaher, J.L. / Betker, J.L. / Tanaka, F. / Barbas, C.F. / Hilvert, D. / Houk, K.N. / Stoddard, B.L. / Baker, D.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Endoxylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1455
ポリマ－21,9171
非ポリマー2284
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.190, 66.060, 66.070
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endoxylanase


分子量: 21916.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物)
解説: Computationally designed based on the structure of thermophilic b-1,4-xylanase from Nonomuraea flexuosa
プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8GMV7*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム


分子量: 18.038 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4N
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.9536.96
2
3
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.51.9M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 5% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.52.0M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 5% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2983蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.52.1M Ammonium Sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 5% v/v PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年10月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.73 Å / Num. all: 16489 / Num. obs: 16082 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.49 % / Biso Wilson estimate: 29.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 12 / Scaling rejects: 424
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.45 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. measured all: 3300 / Num. unique all: 1347 / Χ2: 0.81 / % possible all: 83.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.8 Å33.71 Å
Translation1.8 Å33.71 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7 W8RSSIデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: TRUNCATED 1m4w

1m4w


解像度: 1.8→33.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.799 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 819 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 16082 97.53 %-
all-16082 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.723 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1532 0 12 174 1718
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0211591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0691.8962172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3175197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.42322.42970
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.63415214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.772159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.21047
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0790.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3131.5993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.53921553
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8353735
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1364.5619
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 68 -
Rwork0.318 904 -
all-972 -
obs--80.93 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.8322 Å / Origin y: -10.112 Å / Origin z: 13.7669 Å
111213212223313233
T-0.0097 Å20.0051 Å20.0031 Å2--0.0266 Å20.002 Å2---0.0217 Å2
L0.2816 °2-0.1189 °2-0.2134 °2-0.4856 °20.2626 °2--0.7453 °2
S-0.0154 Å °0.0147 Å °-0.0001 Å °0.016 Å °-0.0038 Å °0.0089 Å °0.0057 Å °-0.0405 Å °0.0193 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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