PDB-3b5h: Crystal structure of the extracellular portion of HAb18G/CD147

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b5h

タイトル

Crystal structure of the extracellular portion of HAb18G/CD147

要素

Cervical EMMPRIN

キーワード

CELL INVASION / Ig-like domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / dendrite self-avoidance / acrosomal membrane / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Yu, X.-L. / Chen, Z.-N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of HAb18G/CD147: implications for immunoglobulin superfamily homophilic adhesion.
著者: Yu, X.L. / Hu, T. / Du, J.M. / Ding, J.P. / Yang, X.M. / Zhang, J. / Yang, B. / Shen, X. / Zhang, Z. / Zhong, W.D. / Wen, N. / Jiang, H. / Zhu, P. / Chen, Z.N.

履歴

登録	2007年10月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b5h.cif.gz	144 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b5h.ent.gz	121.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/3b5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/3b5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ci8-1 3a1q-1 5sv4-3 2rr9-d 1q0a-4 2fsa-3 1a4c-1 3pc7-d 2kpy-d 5tbx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Cervical EMMPRIN

B: Cervical EMMPRIN

C: Cervical EMMPRIN

D: Cervical EMMPRIN

ヘテロ分子

80.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cervical EMMPRIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cervical EMMPRIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cervical EMMPRIN

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cervical EMMPRIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.481, 126.481, 169.926
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Cervical EMMPRIN / HAb18G/CD147 分子量: 20142.447 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular portion, UNP residues 22-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BSG / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB(DE3) / 参照: UniProt: Q54A51, UniProt: P35613*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5M ammonium sulfate, 0.1M triSodium Citrate dihydrate pH 5.60, 1.0M Lithium Sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	AR-NW12A	2	0.9792

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2007年6月29日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2007年6月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9792	1

Reflection

冗長度: 28.5 % / Av σ(I) over netI: 14.7 / 数: 715768 / R_merge(I) obs: 0.114 / Χ²: 1.35 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25099 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.67	50	97	1	0.083	2.576	23.9
5.3	6.67	100	1	0.091	2.368	27.6
4.63	5.3	100	1	0.082	1.794	28.5
4.21	4.63	100	1	0.085	1.647	28.9
3.91	4.21	100	1	0.109	1.391	29.1
3.68	3.91	100	1	0.167	1.12	29.3
3.49	3.68	100	1	0.212	0.904	29.5
3.34	3.49	100	1	0.323	0.817	29.5
3.21	3.34	100	1	0.434	0.593	29.7
3.1	3.21	100	1	0.697	0.539	29.6

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 34141 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.7

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.586 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→39.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 31.409 / SU ML: 0.289 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.514 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	1731	5.1 %	RANDOM
R_work	0.243	-	-	-
obs	0.245	34141	98.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5527	0	4	30	5561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5646
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.46	1.954	7653
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.78	5	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.687	25.285	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.055	15	973
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.8	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.2	2089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3599
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.233	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.171	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.382	1.5	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.667	2	5769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.011	3	2242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.676	4.5	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection R_work: 2160 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7361	0.0556	-1.2222	41.2091	-35.8881	55.117	-1.5815	0.6403	-0.4295	-0.5607	0.6345	-2.2699	0.5487	-0.2464	0.947	-0.3722	-0.0308	0.1307	-0.2618	-0.2507	-0.2788	15.0312	-53.3079	-25.1799
2	8.3139	-0.0402	-3.8932	10.389	3.707	12.569	0.0187	0.3221	-0.0191	0.3977	-0.066	-1.1407	-0.1595	0.8563	0.0473	-0.5007	-0.0993	0.0643	-0.0373	-0.0858	-0.4226	15.1454	-56.5684	-29.4734
3	10.1059	-6.2442	-3.2245	11.4117	4.4148	8.5291	0.0136	-0.1343	-0.5405	-0.2957	-0.099	1.3205	0.5468	-0.3635	0.0854	-0.1943	-0.0924	0.0607	-0.178	-0.0703	-0.4837	7.6001	-62.0017	-33.6104
4	5.9056	0.9696	-1.538	14.7434	0.3345	8.9136	0.4275	0.3041	0.4277	-0.5697	-0.7292	0.7254	-0.2482	0.104	0.3017	-0.3243	-0.0721	-0.0196	-0.1789	-0.1202	-0.4827	6.7031	-54.1216	-31.3689
5	0.7394	-1.8458	1.364	4.6073	-3.4047	2.5161	0.9073	0.8527	-0.8782	-0.4453	-1.0121	0.4327	1.0622	-0.8101	0.1049	-0.1011	-0.1321	0.0742	0.0631	-0.0871	0.1539	-5.111	-38.7442	-33.154
6	19.6846	-3.0349	4.4349	3.3726	-1.2378	5.3518	0.2092	1.1869	-0.4666	-0.3122	-0.2486	0.1479	0.8328	-0.8781	0.0393	-0.2216	-0.1189	0.1146	0.1496	-0.1313	-0.0437	-16.217	-33.7836	-31.2143
7	23.3685	-8.6771	12.989	19.6879	-16.4049	37.6476	0.3633	1.9908	-0.5227	-0.2915	0.4936	0.7532	-2.3208	0.0316	-0.8569	-0.4219	-0.0275	0.2754	0.3786	-0.1328	-0.0097	-12.0091	-23.1404	-34.3849
8	14.1859	-2.0935	-1.9324	4.2957	0.3046	0.6813	-0.0146	1.0542	0.1789	-0.4775	-0.0871	0.0831	-0.2025	-0.5399	0.1017	-0.2599	-0.0841	0.0215	0.2029	-0.0684	-0.2076	-17.0964	-26.1949	-32.4761
9	16.4613	4.7463	4.2951	16.3824	7.5117	15.243	0.2655	1.5539	0.6515	-0.5631	0.1946	-0.3403	-0.67	0.4518	-0.46	0.2215	-0.0256	0.1097	-0.3213	0.2243	-0.2214	3.5585	-33.6194	-7.7544
10	1.8637	1.0664	2.3446	9.2164	-10.2848	18.6565	1.0384	0.7222	4.3003	0.6469	-1.9877	-3.9369	-1.4316	2.0697	0.9493	0.1582	-0.4264	-0.0053	0.3495	-0.0712	1.0165	18.8223	-32.4553	1.5755
11	15.9868	5.7534	-2.4964	3.9608	2.0658	8.4662	0.5653	-0.5002	-0.211	-0.1272	0.1015	-0.4204	0.0042	0.3193	-0.6669	0.1257	-0.0647	0.0368	-0.3249	0.0734	-0.5066	5.7969	-43.1373	2.6432
12	38.6016	-4.0337	3.1914	9.5567	-0.5755	8.5529	0.1002	0.4649	-0.2939	-0.7604	0.2141	0.3858	-0.2931	-0.2213	-0.3143	0.0132	-0.0917	0.0656	-0.2894	0.0373	-0.5326	3.1902	-41.1377	-4.8703
13	18.1736	0.1168	2.0867	3.6678	1.145	5.4807	-0.0726	-1.0513	1.089	0.5852	0.0967	-0.2736	-0.6331	-0.4509	-0.0241	0.141	-0.0232	0	-0.1289	0.0124	-0.3431	2.2364	-34.4553	2.5143
14	10.3523	0.3387	-5.8806	6.8409	0.2279	11.875	0.5336	0.1542	-0.4186	0.3182	-0.5779	-0.7651	-0.6884	1.0438	0.0443	-0.0576	0.1329	-0.2261	-0.3513	0.029	0.0793	-21.5915	-34.8317	13.9244
15	10.7796	0.1882	-4.0535	8.7064	0.1674	13.0188	0.82	0.5891	0.0398	-0.4037	-0.4062	0.5057	-0.3684	-0.4798	-0.4138	-0.0264	0.14	-0.0797	-0.5807	0.017	-0.1006	-30.611	-30.1335	14.0529
16	19.939	8.095	-17.9335	14.9393	-13.9956	27.7235	0.3672	1.2998	-0.6518	-0.7465	0.1032	0.7955	0.146	0.0309	-0.4704	-0.1577	0.2601	-0.2803	-0.4884	-0.0739	-0.0577	-26.8569	-37.1387	10.1456
17	17.4192	4.3134	0.2805	8.8681	3.8015	10.8699	0.2877	0.5127	0.5895	0.41	-0.1786	0.2538	-0.3564	0.2415	-0.1091	-0.1838	0.017	0.0056	-0.1913	-0.0522	-0.5728	10.1751	-53.5397	-16.2847
18	17.4305	2.8168	-6.1454	7.3667	0.4387	12.0964	-0.0155	0.1369	-0.6609	-0.0837	0.2595	0.5866	0.3075	-0.0028	-0.244	-0.192	-0.0046	-0.0312	-0.3412	0.025	-0.4318	4.75	-56.2993	-4.9745
19	38.7787	3.9479	-5.9938	12.2174	-3.3331	4.9981	0.2641	-0.1651	0.8599	0.2971	0.1602	-0.2867	-0.3556	1.1814	-0.4243	-0.0649	-0.0585	-0.0194	-0.1174	-0.1316	-0.6965	10.0168	-49.5828	-9.3524
20	12.3027	4.3441	-7.5277	7.7662	1.5612	11.4798	-0.5025	-0.7893	-1.141	0.4623	0.1652	-0.8189	1.0752	1.6352	0.3373	-0.1403	0.0607	-0.0226	0.0164	-0.0727	-0.4567	13.0541	-59.0728	-8.7425
21	3.3864	2.1216	0.6676	1.4485	1.0522	3.5011	-1.3962	-1.5753	-2.6026	1.8032	0.2189	0.6776	-0.8805	0.7622	1.1774	0.1989	-0.2552	-0.002	0.8005	-0.0088	0.1621	48.2166	-56.369	-16.102
22	13.7346	-12.3029	-3.0466	11.1674	4.6751	26.4503	0.0018	1.2125	0.1089	0.6344	-0.7699	-0.1278	-0.0202	1.1016	0.7681	0.0772	-0.0358	0.0389	0.5082	0.2942	0.1674	59.8234	-60.8426	-24.671
23	11.8621	3.7993	-2.1892	1.4132	-0.3042	8.3385	0.3197	-0.4716	-0.2209	0.2715	-0.6171	0.0362	-0.1877	-0.6644	0.2974	-0.1001	-0.0045	0.0544	0.3172	-0.1988	0.1091	41.0027	-55.8844	-23.5904
24	5.986	-0.355	-1.544	0.7626	1.7849	4.265	0.207	-0.4111	-0.0033	0.2707	-0.4523	0.0798	-0.2157	-0.0133	0.2453	0.0012	-0.0699	0.0277	0.2411	0.0178	0.0813	49.2619	-54.9659	-27.193
25	6.0674	-0.2261	0.3688	8.7594	-2.7578	7.1732	-0.1696	0.7051	-0.1025	-0.4826	-0.0079	-0.223	0.3408	-0.2857	0.1776	-0.4535	-0.0089	0.2021	-0.1638	0.0805	0.0067	5.6443	-22.0348	-38.844
26	20.4344	3.2664	-7.2906	70.5704	-8.3061	20.4416	-0.1061	0.7789	3.1448	-3.2404	-0.4123	-1.0374	0.0042	-1.0893	0.5185	-0.2892	-0.0081	0.1559	0.1029	0.1373	0.3201	7.567	-20.4131	-48.263
27	20.3346	2.9048	5.42	12.0926	2.9457	20.2756	0.0394	-0.7545	0.8178	1.0593	0.0664	-0.0767	-0.3756	0.7057	-0.1059	-0.3942	-0.0341	0.1924	-0.3775	0.1528	-0.0226	10.4266	-18.3768	-30.587
28	9.8509	1.3864	4.2675	10.1812	-1.7192	18.2075	-0.5361	-0.013	0.5108	0.0398	-0.2065	0.6327	-0.3956	-1.7821	0.7426	-0.4697	0.045	0.1336	-0.1881	0.056	0.1632	1.4866	-19.075	-34.9501
29	15.0862	3.2473	4.829	7.1637	-0.8497	7.153	0.7374	-0.0284	1.6867	-2.0488	0.2591	-1.5716	-1.4608	0.0362	-0.9965	0.2541	-0.1293	0.1802	0.116	0.3576	0.4251	11.1236	-7.5745	-8.6714
30	22.5639	-25.9956	-37.8356	33.1709	37.6156	74.5225	-0.5593	1.4567	1.7336	-0.7919	-2.5563	-1.2059	-3.9533	-0.2924	3.1156	0.5823	-0.4032	0.1079	0.713	-0.1147	1.2955	11.213	3.2006	6.8794
31	5.573	0.6935	0.576	3.8476	1.1549	12.1024	0.2017	0.2592	0.8124	0.0765	0.0833	-0.2682	-0.0737	0.4053	-0.2851	-0.15	-0.0843	-0.0123	-0.1397	0.1399	0.2075	10.3988	-12.8461	-1.8853
32	4.2573	-0.0818	-1.8383	8.026	2.2794	11.4776	-0.1262	-0.3288	0.9851	0.8951	0.3637	-0.5354	-0.0433	0.9635	-0.2376	-0.0706	-0.0726	-0.0814	-0.0771	0.0233	0.3161	11.5839	-11.3951	3.8784

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	23 - 32	2 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	33 - 49	12 - 28
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	50 - 71	29 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	72 - 98	51 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	99 - 114	78 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	115 - 135	94 - 114
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	136 - 145	115 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	146 - 203	125 - 182
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	23 - 41	2 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	42 - 50	21 - 29
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	51 - 64	30 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	65 - 82	44 - 61
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	83 - 105	62 - 84
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	106 - 136	85 - 115
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	137 - 189	116 - 168
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	190 - 203	169 - 182
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	23 - 43	2 - 22
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	44 - 64	23 - 43
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	65 - 81	44 - 60
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	82 - 104	61 - 83
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	105 - 116	84 - 95
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	C	117 - 124	96 - 103
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	125 - 144	104 - 123
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	C	145 - 202	124 - 181
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	23 - 63	2 - 42
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	D	64 - 71	43 - 50
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	D	72 - 88	51 - 67
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	D	89 - 104	68 - 83
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	D	105 - 113	84 - 92
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	D	114 - 119	93 - 98
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	D	120 - 145	99 - 124
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	D	146 - 201	125 - 180

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)