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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b5h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the extracellular portion of HAb18G/CD147 | ||||||
![]() | Cervical EMMPRIN | ||||||
![]() | CELL INVASION / Ig-like domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / dendrite self-avoidance / acrosomal membrane / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance ...Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / dendrite self-avoidance / acrosomal membrane / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / endothelial tube morphogenesis / neural retina development / photoreceptor cell maintenance / Basigin interactions / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / odontogenesis of dentin-containing tooth / D-mannose binding / decidualization / lateral plasma membrane / photoreceptor outer segment / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Integrin cell surface interactions / response to cAMP / embryo implantation / neutrophil chemotaxis / Degradation of the extracellular matrix / photoreceptor inner segment / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / protein localization to plasma membrane / sarcolemma / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / melanosome / virus receptor activity / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / angiogenesis / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / endosome / cadherin binding / Golgi membrane / axon / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yu, X.-L. / Chen, Z.-N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of HAb18G/CD147: implications for immunoglobulin superfamily homophilic adhesion. 著者: Yu, X.L. / Hu, T. / Du, J.M. / Ding, J.P. / Yang, X.M. / Zhang, J. / Yang, B. / Shen, X. / Zhang, Z. / Zhong, W.D. / Wen, N. / Jiang, H. / Zhu, P. / Chen, Z.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20142.447 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular portion, UNP residues 22-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5M ammonium sulfate, 0.1M triSodium Citrate dihydrate pH 5.60, 1.0M Lithium Sulfate monohydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 28.5 % / Av σ(I) over netI: 14.7 / 数: 715768 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.35 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 25099 / % possible obs: 99.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 34141 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 11.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.586 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→39.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.8 Å / Num. reflection Rwork: 2160 / Total num. of bins used: 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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