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- PDB-3b4r: Site-2 Protease from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b4r
タイトルSite-2 Protease from Methanocaldococcus jannaschii
要素Putative zinc metalloprotease MJ0392
キーワードHYDROLASE / Intramembrane protease / metalloprotease / CBS domain / Metal-binding / Transmembrane / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metallopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised conserved protein UCP006404, peptidase M50/CBS / Peptidase M50 / Peptidase family M50 / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloprotease MJ0392
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Feng, L. / Yan, H. / Wu, Z. / Yan, N. / Wang, Z. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of a site-2 protease family intramembrane metalloprotease.
著者: Feng, L. / Yan, H. / Wu, Z. / Yan, N. / Wang, Z. / Jeffrey, P.D. / Shi, Y.
履歴
登録2007年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative zinc metalloprotease MJ0392
B: Putative zinc metalloprotease MJ0392
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0204
ポリマ－49,8892
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.420, 124.420, 136.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Putative zinc metalloprotease MJ0392


分子量: 24944.367 Da / 分子数: 2 / 断片: Site-2 Protease residues 1-224 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3)
参照: UniProt: Q57837, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1 M Tris (pH 8.8), 20% (w/v) PEG400, 50 mM NaCl, 5 mM CaCl2 and 30 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.0809
シンクロトロンNSLS X29A20.97909, 0.97925
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年8月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年9月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.08091
20.979091
30.979251
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 11853 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 96.9 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.485 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.3→34.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 1526734.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 570 5.1 %RANDOM
Rwork0.251 ---
obs0.251 11268 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.5494 Å2 / ksol: 0.240819 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 98.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.43 Å224.05 Å20 Å2
2--7.43 Å20 Å2
3----14.85 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.63 Å0.52 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.95 Å0.81 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3404 0 2 0 3406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.92.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.33
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.83.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.446 108 6.4 %
Rwork0.441 1592 -
obs-1592 85.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2zinc.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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