[日本語] English
万見
- PDB-3b2u: Crystal structure of isolated domain III of the extracellular reg... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b2u
タイトルCrystal structure of isolated domain III of the extracellular region of the epidermal growth factor receptor in complex with the Fab fragment of IMC-11F8
要素
  • (IMC-11F8 Fab ...) x 2
  • Epidermal growth factor receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM/TRANSFERASE / CELL SURFACE RECEPTOR / GLYCOPROTEIN / ANTIGEN:ANTIBODY COMPLEX / FAB FRAGMENT / ANTITUMOR / DRUG / Anti-oncogene / ATP-binding / Cell cycle / Disease mutation / Kinase / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Secreted / Transferase / Transmembrane / Tyrosine-protein kinase / IMMUNE SYSTEM-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A ...multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / eyelid development in camera-type eye / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic placenta development / salivary gland morphogenesis / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / basal plasma membrane / positive regulation of DNA repair / cellular response to epidermal growth factor stimulus / EGFR downregulation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to estradiol stimulus / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / Downregulation of ERBB2 signaling / cell-cell adhesion / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of miRNA transcription / kinase binding / ruffle membrane / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / cell morphogenesis / neuron differentiation / positive regulation of fibroblast proliferation / HCMV Early Events / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / actin filament binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / PIP3 activates AKT signaling / virus receptor activity / ATPase binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / double-stranded DNA binding / protein tyrosine kinase activity / early endosome membrane / protein phosphatase binding / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / learning or memory / Extra-nuclear estrogen signaling / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Alpha-Beta Horseshoe / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Alpha-Beta Horseshoe / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / : / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor / IGH@ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Ferguson, K.M. / Li, S. / Kussie, P.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural basis for EGF receptor inhibition by the therapeutic antibody IMC-11F8.
著者: Li, S. / Kussie, P. / Ferguson, K.M.
履歴
登録2007年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software
Item: _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 ..._pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: IMC-11F8 Fab Light chain
H: IMC-11F8 Fab Heavy chain
A: Epidermal growth factor receptor
D: IMC-11F8 Fab Light chain
C: IMC-11F8 Fab Heavy chain
B: Epidermal growth factor receptor
G: IMC-11F8 Fab Light chain
F: IMC-11F8 Fab Heavy chain
E: Epidermal growth factor receptor
K: IMC-11F8 Fab Light chain
J: IMC-11F8 Fab Heavy chain
I: Epidermal growth factor receptor
O: IMC-11F8 Fab Light chain
N: IMC-11F8 Fab Heavy chain
M: Epidermal growth factor receptor
R: IMC-11F8 Fab Light chain
Q: IMC-11F8 Fab Heavy chain
P: Epidermal growth factor receptor
U: IMC-11F8 Fab Light chain
T: IMC-11F8 Fab Heavy chain
S: Epidermal growth factor receptor
X: IMC-11F8 Fab Light chain
W: IMC-11F8 Fab Heavy chain
V: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)577,65164
ポリマ－563,55224
非ポリマー14,09940
水18,6641036
1
L: IMC-11F8 Fab Light chain
H: IMC-11F8 Fab Heavy chain
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1568
ポリマ－70,4443
非ポリマー1,7125
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
手法PISA
2
D: IMC-11F8 Fab Light chain
C: IMC-11F8 Fab Heavy chain
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8977
ポリマ－70,4443
非ポリマー1,4534
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
手法PISA
3
G: IMC-11F8 Fab Light chain
F: IMC-11F8 Fab Heavy chain
E: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2529
ポリマ－70,4443
非ポリマー1,8086
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
手法PISA
4
K: IMC-11F8 Fab Light chain
J: IMC-11F8 Fab Heavy chain
I: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5218
ポリマ－70,4443
非ポリマー2,0775
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
手法PISA
5
O: IMC-11F8 Fab Light chain
N: IMC-11F8 Fab Heavy chain
M: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,8458
ポリマ－70,4443
非ポリマー2,4015
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7470 Å2
手法PISA
6
R: IMC-11F8 Fab Light chain
Q: IMC-11F8 Fab Heavy chain
P: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8977
ポリマ－70,4443
非ポリマー1,4534
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6570 Å2
手法PISA
7
U: IMC-11F8 Fab Light chain
T: IMC-11F8 Fab Heavy chain
S: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9938
ポリマ－70,4443
非ポリマー1,5495
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
手法PISA
8
X: IMC-11F8 Fab Light chain
W: IMC-11F8 Fab Heavy chain
V: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0909
ポリマ－70,4443
非ポリマー1,6456
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.373, 139.122, 175.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABEIMPSV

#3: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Receptor tyrosine-protein kinase ErbB-1


分子量: 23786.088 Da / 分子数: 8 / Fragment: sequence database residues 335-538 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB1 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NS0 / 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase

-
抗体 , 2種, 16分子 LDGKORUXHCFJNQTW

#1: 抗体
IMC-11F8 Fab Light chain


分子量: 23053.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR / プラスミド: pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
#2: 抗体
IMC-11F8 Fab Heavy chain


分子量: 23604.381 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株 (発現宿主): NS0 / 参照: UniProt: Q6GMX6*PLUS

-
糖 , 5種, 32分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d3-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 1044分子

#9: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1036 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: 12 % PEG 3350, 0.25 M ammonium acetate, 50 mM sodium acetate, pH 5.0, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 231454 / Num. obs: 231454 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.57→2.69 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 22862 / Χ2: 0.991 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 1yy9, 1ce1, and 1dn0

1yy9

1ce1

1dn0


解像度: 2.58→43.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / SU B: 23.221 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.467 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 11664 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.23 233995 --
obs0.23 231396 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37083 0 916 1036 39035
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02238967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.97953294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70754952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.39924.5381428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2155714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.33415127
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.26282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0228878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.213579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.225586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.21357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1450.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4241.525370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.757239910
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.193315519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9874.513384
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 773 -
Rwork0.32 13941 -
all-14714 -
obs-14714 85.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る