PDB-3b1o: Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b1o

タイトル

Structure of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase (BthNK) in ligand-free form

要素

Ribokinase, putative

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold / kinase / ATP binding / Mg binding / Nucleoside binding

機能・相同性

機能・相同性情報

kinase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia thailandensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structures of Burkholderia thailandensis nucleoside kinase: implications for the catalytic mechanism and nucleoside selectivity
著者: Yasutake, Y. / Ota, H. / Hino, E. / Sakasegawa, S. / Tamura, T.

履歴

登録	2011年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b1o.cif.gz	246.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b1o.ent.gz	201 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/3b1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/3b1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b1nSC 3b1pC 3b1qC 3b1rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3in1-1 3in1-2 4utk-1 5c3y-4 3b3l-2 5lni-1 5c3y-2 2fpe-7 3n19-d 4kb8-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribokinase, putative

B: Ribokinase, putative

71.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.359, 85.359, 160.822
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Ribokinase, putative / Nucleoside kinase 分子量: 35751.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア) 株: E264 / 遺伝子: Bth_I1158 / プラスミド: pTip-QC2 / 発現宿主: Rhodococcus erythropolis (バクテリア) / 株 (発現宿主): L88 / 参照: UniProt: Q2SZE4, EC: 2.7.1.143
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.3 詳細: 0.1M CHES, 0.2M NaCl, 1.4M ammonium sulfate, pH 9.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月22日
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 35578 / Num. obs: 35578 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 27.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B1N

3b1n

解像度: 2.1→42.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 13.86 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27663	1669	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23574	-	-	-
obs	0.23779	32351	95.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4706	0	0	194	4900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	4803
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.223	1.953	6510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.69	5	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.378	23.392	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.18	15	763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.311	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	715
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3728
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.29	1.5	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.515	2	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.97	3	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.481	4.5	1667
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	132	-
R_work	0.285	2193	-
obs	-	-	90.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5177	-0.3843	0.5002	1.9881	-3.6568	7.3137	-0.0575	-0.0345	0.103	0.1781	0.3007	0.1661	-0.6828	-0.6579	-0.2433	0.3028	0.0674	-0.0493	0.1957	0.0076	0.1965	-20.7254	38.4253	-26.8175
2	2.2248	0.482	0.0421	1.4624	0.403	1.3629	-0.001	0.0032	-0.1632	-0.0685	0.0103	-0.0236	-0.0459	-0.0022	-0.0093	0.0625	0.026	-0.0027	0.1502	0.0129	0.1259	-15.4262	19.9326	-17.7859
3	4.6016	0.5505	0.1194	3.1248	0.9796	3.4295	0.0339	-0.1029	-0.0976	0.0443	-0.0702	0.3079	-0.1008	-0.2504	0.0363	0.0087	0.0325	-0.0021	0.225	-0.0061	0.1315	-34.066	20.1554	-14.2449
4	0.6157	-1.9709	0.5766	7.6226	0.446	4.8494	-0.1123	-0.0345	0.1655	0.0144	0.1737	-0.7571	-0.4104	0.1357	-0.0614	0.39	-0.0183	0.0148	0.2203	0.0268	0.2625	-13.0582	39.5139	-29.3384
5	0.4182	-0.2933	0.2321	0.9492	-0.7465	0.7538	-0.0218	-0.2053	0.042	0.5567	-0.0321	-0.2138	-0.4013	0.1889	0.0539	0.653	-0.0977	-0.0503	0.3167	-0.0541	0.3206	-7.8642	63.7736	-21.4104
6	3.5711	0.1237	-0.4925	7.2491	-0.3146	1.042	0.1267	0.3369	0.3807	-0.4149	-0.1269	-0.3677	-0.1094	0.2652	0.0002	0.5811	-0.1941	0.0136	0.5992	-0.0355	0.3778	6.4519	65.9527	-32.8682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	46 - 221
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	222 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	2 - 45
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	46 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	220 - 304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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