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万見
- PDB-3b0z: Crystal structure of cytoplasmic domain of FlhB from Salmonella t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b0z
タイトルCrystal structure of cytoplasmic domain of FlhB from Salmonella typhimurium
要素(Flagellar biosynthetic protein flhB) x 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / flagella / type III secretion system / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum assembly / protein secretion / membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2080 / Flagellar biosynthetic protein FlhB / secretion proteins EscU / name from scop / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2080 / Flagellar biosynthetic protein FlhB / secretion proteins EscU / name from scop / Type III secretion system substrate exporter / Type III secretion system substrate exporter, C-terminal / FlhB HrpN YscU SpaS Family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar biosynthetic protein FlhB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Meshcheryakov, V.A. / Samatey, F.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Inhibition of a type III secretion system by the deletion of a short loop in one of its membrane proteins
著者: Meshcheryakov, V.A. / Kitao, A. / Matsunami, H. / Samatey, F.A.
履歴
登録2011年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar biosynthetic protein flhB
B: Flagellar biosynthetic protein flhB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0056
ポリマ－18,8292
非ポリマー1774
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.102, 49.102, 143.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量: 6141.140 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 219-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: auto-cleaved between residues 269 and 270
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: flhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40727
#2: タンパク質 Flagellar biosynthetic protein flhB


分子量: 12687.534 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, residues 270-383 / Mutation: G383A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: auto-cleaved between residues 269 and 270
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
遺伝子: flhB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40727
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.2946.32
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, 0.2M zinc acetate, 25% propylene glycol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44XU10.9
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.97894, 0.97919
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX225HE1CCD2010年7月15日
RAYONIX MX225HE2CCD2010年7月15日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.978941
30.979191
反射解像度: 2.45→40.45 Å / Num. obs: 6875
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.45→28.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 18.131 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24709 346 5.1 %RANDOM
Rwork0.23077 ---
obs0.23163 6416 98.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 76.147 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→28.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数992 0 4 20 1016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.091.9531370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2885123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.0123.19147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.00315178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6681510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.921.5625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74521001
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8043388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8144.5369
LS精密化 シェル解像度: 2.453→2.516 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 22 -
Rwork0.278 393 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86473.3859-3.046.1244-5.24566.6661-0.1538-0.3054-0.5064-0.2451-0.0648-0.30590.5336-0.35270.21860.1535-0.0945-0.0370.74050.05550.340635.9695-8.709528.1112
24.2332-0.01581.29184.9885-0.81586.5148-0.0638-0.43310.164-0.18750.12860.1137-0.4167-0.5925-0.06480.05580.04440.04460.4347-0.02140.131138.19119.032912.5737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A229 - 269
2X-RAY DIFFRACTION2B270 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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