PDB-3b0d: Crystal structure of the chicken CENP-T histone fold/CENP-W compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b0d

タイトル

Crystal structure of the chicken CENP-T histone fold/CENP-W complex, crystal form II

要素

Centromere protein T
Centromere protein W

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / histone fold / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / kinetochore assembly / chromosome segregation / kinetochore / mitotic cell cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.197 Å

データ登録者

Nishino, T. / Takeuchi, K. / Gascoigne, K.E. / Suzuki, A. / Hori, T. / Oyama, T. / Morikawa, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: CENP-T-W-S-X Forms a Unique Centromeric Chromatin Structure with a Histone-like Fold.
著者: Nishino, T. / Takeuchi, K. / Gascoigne, K.E. / Suzuki, A. / Hori, T. / Oyama, T. / Morikawa, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T.

履歴

登録	2011年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b0d.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b0d.ent.gz	125 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b0d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3b0d_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b0d_full_validation.pdf.gz	480 KB	表示
XML形式データ	3b0d_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	3b0d_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b0bC 3b0cC 3vh5C 3vh6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z82-d 3cou-d 6yro-5 2gh2-d 2ka4-d 4kwk-d 4xez-d 4iey-d 4ubh-d 3ici-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

登録構造単位

T: Centromere protein T

W: Centromere protein W

B: Centromere protein T

C: Centromere protein W

ヘテロ分子

43.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

T: Centromere protein T

W: Centromere protein W

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Centromere protein T

C: Centromere protein W

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
21.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.985, 54.985, 235.912
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Centromere protein T / CENP-T 分子量: 12746.921 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 54-162 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPT / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1NPG5
#2: タンパク質	Centromere protein W / CENP-W 分子量: 8708.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENPW / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DJH6*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE CHAIN W/C DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100mM Citrate-NaOH pH 5.0, 30% PEG 600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月17日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.197→40.732 Å / Num. all: 22025 / Num. obs: 22025 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.2→2.25 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER	in PHENIX package	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.197→40.732 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2609	2011	9.14 %	random
R_work	0.2026	-	-	-
obs	0.2078	21997	99.51 %	-
all	-	22105	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 53.733 Å² / k_sol: 0.334 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1288 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1288 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.2577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.197→40.732 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2775	0	52	125	2952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2874
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	3860
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.834	1120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	445
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	482

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1967-2.2517	0.3032	137	0.2588	1364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2517-2.3125	0.3208	143	0.2281	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.3806	0.3369	145	0.2439	1426	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3806-2.4574	0.3305	135	0.2479	1356	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4574-2.5452	0.3328	142	0.2382	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5452-2.6471	0.2785	142	0.2298	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6471-2.7676	0.3347	145	0.2153	1401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7676-2.9134	0.2997	145	0.2334	1417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9134-3.0959	0.2876	137	0.2368	1437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0959-3.3349	0.3057	144	0.2284	1412	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3349-3.6703	0.2534	154	0.2005	1473	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6703-4.2009	0.2157	147	0.175	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2009-5.2909	0.2168	144	0.1511	1455	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2909-40.7395	0.2282	151	0.2012	1528	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0066	0	0.0054	0.0009	0.0042	0.0079	0.0505	-0.0138	-0.0582	0.0189	0.099	0.0569	0.0936	0.0004	0.0001	0.6809	0.1496	0.0445	0.467	-0.0106	0.3819	18.6046	-3.0621	48.5189
2	0.0604	-0.089	-0.0292	0.0979	0.041	0.0172	-0.2065	-0.2296	0.1922	0.0424	-0.021	0.2966	0.0857	-0.0141	-0.0886	0.5156	0.5884	-0.1963	-0.0538	-0.3059	0.3198	16.8125	7.1392	39.5444
3	0.0057	-0.0074	-0.0037	0.0036	0.0004	0.0087	-0.075	0.0569	0.0275	-0.0384	-0.0051	0.1012	-0.0434	-0.0362	-0	0.4324	0.1074	-0.0259	0.3404	-0.0182	0.4124	21.0069	3.6607	26.6482
4	-0.0012	-0.0006	0.0054	0.0054	0.0047	0.0076	-0.1502	0.1889	-0.1198	0.0161	-0.0372	-0.0333	0.0385	0.1066	-0.0003	0.3874	0.0184	-0.0073	0.2147	-0.0571	0.3575	27.5886	-4.5632	29.6743
5	0.0063	-0.0039	0.0032	0.002	0.0008	0.0046	-0.0499	0.0576	-0.0574	0.0194	-0.0317	0.0297	0.0489	0.0449	0.0001	0.3885	-0.0567	0.0161	0.4023	-0.1217	0.5337	16.9971	-13.0216	28.5211
6	0.0001	0.0001	-0.0003	0.0013	-0.0009	0.0031	-0.0183	0.0045	-0.009	0.0088	-0.0139	-0.0117	-0.0233	-0.0095	0.0001	1.0719	0.0404	0.0819	1.0266	0.027	1.0078	13.8408	-9.7152	42.4157
7	0.0055	-0.0008	0.0008	0.0002	0.0013	-0.0007	0.0537	0.0084	-0.044	0.0172	0.0354	0.0036	-0.0221	-0.0085	-0.0005	0.479	0.128	0.0112	0.7127	-0.2205	0.7053	7.1292	3.3808	38.1608
8	-0.0006	-0.0013	-0.0008	0.0093	0.0009	0.0006	-0.0142	0.0413	-0.0101	-0.0107	0.0479	0.0112	-0.0072	-0.0866	-0.0001	0.4162	0.1637	-0.108	0.599	-0.2486	0.5842	6.1229	5.4926	29.6386
9	0.0726	0.0295	0.0147	0.0284	0.0017	0.0754	-0.1726	-0.1634	0.0839	0.3832	0.2371	-0.1105	0.0038	0.0363	0.0809	0.4653	0.1872	-0.1238	0.2374	-0.1183	0.3967	27.413	0.9189	45.9527
10	0.0312	0.0107	-0.0033	0.0492	0.0045	0.0011	-0.0903	-0.018	0.0496	-0.0415	0.0439	-0.0159	0.0253	0.0073	0.0044	0.6135	0.1947	-0.2685	0.2528	-0.1187	0.5633	27.4113	10.0494	45.213
11	0.09	0.046	-0.0439	0.0335	-0.0215	0.0187	-0.0904	-0.0475	0.0204	-0.027	-0.0216	0.0312	-0.0692	-0.0171	-0.0055	0.6746	-0.1029	-0.1081	0.3448	-0.1184	0.3422	5.7817	-11.6477	-2.7958
12	0.0102	0.0118	-0.0069	0.0296	0.0142	0.0967	-0.2073	0.1057	-0.0377	0.0582	-0.1703	0.1247	0.029	-0.1348	-0.2038	0.6973	-0.5489	-0.0092	0.3901	-0.1007	0.3062	7.3841	-23.0053	-0.4785
13	0.0093	-0.0098	-0.0019	0.0186	-0.0022	0.0126	-0.0321	-0.0493	0.033	0.0457	-0.0301	-0.0467	0.0875	-0.0208	-0.0183	0.5485	-0.312	0.0852	0.2979	-0.0871	0.3274	14.1453	-25.7734	15.8647
14	0.0019	0.0022	-0.0039	0.0008	-0.0001	0.0039	-0.0321	0.0154	-0.0029	-0.0276	-0.0289	-0.0466	0.0283	0.003	-0.0001	0.5023	-0.1757	0.0633	0.3468	-0.0437	0.5212	24.7609	-18.9389	8.5384
15	0.0046	0.0053	-0.0022	0.0084	-0.008	0.0099	-0.0646	-0.0256	0.0732	-0.0675	0.0032	0.0533	-0.105	-0.0267	-0.0128	0.6136	-0.2503	0.066	0.2997	-0.2943	0.528	15.4729	-8.1665	13.9408
16	0.0127	-0.019	-0.0358	0.1123	0.0766	0.1148	0.0089	-0.108	-0.0199	0.0067	-0.0041	0.0945	0.0005	-0.118	0.0031	0.6563	-0.3803	0.0356	0.7578	-0.1387	0.5114	1.8012	-19.9403	11.1467
17	0.006	-0.0094	-0.015	0.0245	0.0393	0.0378	-0.1376	0.0505	0.0466	-0.3667	-0.066	0.0099	-0.039	-0.047	-0.2711	0.7516	-0.5576	-0.0235	0.0882	-0.1692	0.2788	14.2765	-18.496	-6.391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN T AND (RESSEQ 535:549)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN T AND (RESSEQ 550:589)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN T AND (RESSEQ 590:599)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN T AND (RESSEQ 600:616)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN T AND (RESSEQ 617:631)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN W AND (RESSEQ 2:6)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN W AND (RESSEQ 7:17)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN W AND (RESSEQ 18:26)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN W AND (RESSEQ 27:59)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN W AND (RESSEQ 60:76)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 535:549)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 550:582)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND (RESSEQ 583:599)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 600:608)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 609:629)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN C AND (RESSEQ 2:26)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN C AND (RESSEQ 27:76)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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