PDB-3b0b: Crystal structure of the chicken CENP-S/CENP-X complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b0b

タイトル

Crystal structure of the chicken CENP-S/CENP-X complex

要素

Centromere protein S
Centromere protein X

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / histone fold / DNA binding / DNA / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

PKR-mediated signaling / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Fanconi Anemia Pathway / FANCM-MHF complex / Fanconi anaemia nuclear complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Nishino, T. / Takeuchi, K. / Gascoigne, K.E. / Suzuki, A. / Hori, T. / Oyama, T. / Morikawa, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2012
タイトル: CENP-T-W-S-X Forms a Unique Centromeric Chromatin Structure with a Histone-like Fold.
著者: Nishino, T. / Takeuchi, K. / Gascoigne, K.E. / Suzuki, A. / Hori, T. / Oyama, T. / Morikawa, K. / Cheeseman, I.M. / Fukagawa, T.

履歴

登録	2011年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b0b.cif.gz	150.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b0b.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b0/3b0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b0cC 3b0dC 3vh5C 3vh6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dra-1 4ne5-2 7da0-1 4ne6-d 6g8r-d 4iyr-d 4dra-2 1w30-d 4ne3-1 7da1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Centromere protein S

C: Centromere protein X

A: Centromere protein S

D: Centromere protein X

42.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

B: Centromere protein S

C: Centromere protein X

ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Centromere protein S

D: Centromere protein X

ソフトウェアが定義した集合体
21.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.741, 48.741, 345.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Centromere protein S / CENP-S 分子量: 12065.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENP-S / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E1BSW7*PLUS
#2: タンパク質	Centromere protein X / CENP-X 分子量: 9408.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CENP-X / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0DJH7*PLUS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE DATABASE REFERENCES FOR THESE PROTEINS DO NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 詳細: 100mM Citrate-BisPropane pH 9.5, 500mM NaCl, 100mM MgSO4, and 30% PEG 600, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL38B1	1	0.9642, 0.97944, 0.97889, 0.9951
シンクロトロン	SPring-8	BL44XU	2	0.9

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2010年10月21日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2010年11月14日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	GRAPHITE	MAD	M	x-ray	1
2	GRAPHITE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9642	1
2	0.97944	1
3	0.97889	1
4	0.9951	1
5	0.9	1

反射

解像度: 2.15→42.211 Å / Num. all: 25152 / Num. obs: 25152 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

反射シェル

解像度: 2.15→2.23 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.15→42.211 Å / SU ML: 0.55 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	1963	7.96 %	RANDOM
R_work	0.1863	-	-	-
obs	0.1901	24657	98.19 %	-
all	-	25111	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.788 Å² / k_sol: 0.331 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.3091 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.3091 Å²	0 Å²
3-	-	-	-20.0662 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.211 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2755	0	0	119	2874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2781
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	3729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.839	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	483

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.15-2.2268	0.2758	187	0.218	2184	93
2.2268-2.316	0.2708	195	0.2087	2223	97
2.316-2.4214	0.2772	191	0.1998	2256	98
2.4214-2.549	0.2617	198	0.2045	2260	99
2.549-2.7087	0.2842	195	0.2067	2307	99
2.7087-2.9178	0.2585	195	0.2204	2274	99
2.9178-3.2113	0.2912	201	0.2096	2288	99
3.2113-3.6758	0.2263	197	0.1935	2317	100
3.6758-4.6302	0.2009	202	0.1532	2291	100
4.6302-42.2191	0.2107	202	0.1756	2294	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4412	0.5815	1.6933	2.6905	1.6199	4.9176	-0.2799	-0.5695	-0.3773	0.2334	0.1507	0.2485	0.4735	-0.0378	0.1527	0.669	-0.0329	0.0885	0.2618	0.0337	0.3467	-3.5624	0.1355	32.0144
2	2.3514	0.7623	-0.7412	3.1932	-0.6162	2.2495	-0.2808	-0.0979	-0.2477	-0.0543	0.1418	-0.3631	0.3074	0.4012	0.046	0.5081	-0.1698	0.0433	0.3184	-0.0728	0.3439	2.3786	4.2969	21.019
3	2.6857	-2.1533	0.9433	1.8897	-0.7752	1.8171	-0.8393	0.6741	-0.0017	-0.4068	1.0662	0.2054	0.0744	0.1479	-0.265	0.639	-0.2859	0.0492	0.4674	0.0225	0.4878	-0.8929	12.4615	12.2426
4	9.0786	-1.6101	-0.34	7.9276	5.6816	7.7223	-0.0838	-0.5337	0.6547	-0.5689	-0.4343	1.0866	-1.2794	-1.2842	-0.056	0.824	-0.0707	-0.082	0.5805	0.1485	0.8608	-9.5793	17.8308	16.5707
5	8.4414	0.9242	-1.8172	3.5628	-1.3983	4.5713	-0.1418	-0.9451	0.4821	0.761	0.2288	-0.2744	-0.2767	0.5128	-0.1437	0.6593	-0.119	-0.0526	0.4438	-0.0935	0.4405	6.5999	11.5332	27.2914
6	5.5287	2.775	1.8707	3.4261	3.1293	3.5774	-0.3974	0.3332	0.3872	-0.1556	0.5928	0.8768	-0.048	0.1421	-0.1474	0.4787	-0.1538	0.0053	0.388	0.0762	0.5016	-8.7635	3.4963	20.727
7	1.8052	2.0753	0.3067	2.7391	0.824	0.7188	0.2203	-0.4438	-0.6798	0.0549	-0.3319	0.7257	0.2865	-0.2501	-0.2643	0.8885	-0.2589	0.0853	0.3859	-0.0613	0.8068	-17.3068	-14.4783	21.942
8	7.1842	0.9835	0.1614	4.2284	0.6573	3.0997	0.1979	0.917	0.1328	-0.2301	0.5604	-0.4491	0.4198	0.3578	-0.3741	0.7846	-0.2324	0.0715	0.3349	-0.0632	0.4552	-5.3675	-6.6569	15.2433
9	8.093	-2.8073	2.8719	4.4806	-3.0006	5.4508	0.7435	-0.0526	-1.0834	0.023	-0.4908	0.6066	0.4212	0.1719	-0.1435	0.5564	-0.2319	-0.0452	0.703	-0.0364	0.3867	4.7214	-5.8965	-12.6704
10	1.654	-0.4966	0.3874	9.1084	3.1834	3.3937	0.4484	0.0527	0.0459	0.7903	-0.6855	0.5137	0.1915	-0.394	0.1771	0.5833	-0.2506	0.0114	0.527	0.0192	0.3289	2.1538	2.7111	-1.9415
11	3.7042	-1.1633	0.2245	7.7305	0.02	4.3775	-0.0046	0.4787	-0.265	0.4318	0.3655	-1.5713	-0.3027	1.2063	-0.345	0.6079	-0.2553	-0.0175	0.732	-0.1222	0.7004	15.9061	8.4988	2.9884
12	7.9342	-5.9947	-3.1744	9.3189	2.3887	9.7367	0.1229	1.347	0.5674	-1.0932	-0.2115	-0.0496	-0.7294	-0.1022	-0.0635	0.7075	-0.2978	0.0374	0.7325	-0.0143	0.4296	7.7935	6.3529	-12.1383
13	3.9243	-3.2188	1.7555	9.5072	4.0161	5.5459	0.0642	0.7091	0.5243	-0.2746	0.0097	-0.2983	-1.1411	-0.1905	0.0365	0.8528	-0.2816	0.0809	0.6985	0.0241	0.3573	1.811	15.5297	-5.2253
14	4.8677	1.1948	-1.0722	2.0298	-1.4875	4.0593	0.1554	-0.4507	-0.4345	1.3384	0.27	-0.8761	-0.064	0.4978	-0.379	0.647	-0.0652	-0.1129	0.86	-0.0145	0.4452	11.4751	-5.9158	-1.7297
15	6.6296	-2.4853	-0.845	9.4103	1.7735	6.6682	-0.2951	-0.7401	-1.1211	0.9685	0.7281	0.4245	1.0514	0.4545	-0.2809	1.0145	-0.2411	-0.0507	0.7844	0.151	0.5938	3.8472	-14.1675	1.7979

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN B AND (RESSEQ 8:35)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESSEQ 36:75)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN B AND (RESSEQ 76:86)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 87:104)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN C AND (RESSEQ 6:29)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN C AND (RESSEQ 30:57)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESSEQ 58:64)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 65:80)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 5:40)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 41:69)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN A AND (RESSEQ 70:102)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 6:18)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 19:29)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 30:58)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 59:80)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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