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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3axf | ||||||
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タイトル | Perrhenate binding to A11C/R153C ModA mutant | ||||||
![]() | Molybdate-binding periplasmic protein | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / molybdate binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to chromate / tungstate ion transport / ABC-type molybdate transporter activity / tungstate binding / molybdate ion binding / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | He, C. / Aryal, B.P. / Brugarolas, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding of ReO(4) (-) with an engineered MoO (4) (2-)-binding protein: towards a new approach in radiopharmaceutical applications. 著者: Aryal, B.P. / Brugarolas, P. / He, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 276.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 227.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 233 / Label seq-ID: 7 - 237
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25339.750 Da / 分子数: 3 / 変異: A11C, R153C / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 26% PEG8000, 0.1 M sodium acetate, 2.5 mM sodium perrhenate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.2 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 43585 / % possible obs: 56.4 % / 冗長度: 13.4 % / Net I/σ(I): 39.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.24 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.9 / % possible all: 56.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: (1) DATA WAS COLLECTED TO THE HIGHER RESOLUTION OF 1.5 A. HOWEVER, DATA BELOW 2.0 A HAD LOW COMPLETENESS (LESS THAN 55%), AND THE SIGNAL-TO-NOISE RATIO I/SIGMA(I) WAS SIGNIFICANTLY LOW (LESS ...詳細: (1) DATA WAS COLLECTED TO THE HIGHER RESOLUTION OF 1.5 A. HOWEVER, DATA BELOW 2.0 A HAD LOW COMPLETENESS (LESS THAN 55%), AND THE SIGNAL-TO-NOISE RATIO I/SIGMA(I) WAS SIGNIFICANTLY LOW (LESS THAN 1.5). THEREFORE THE DATA WAS SCALED TO 2.0 A. (2) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.779 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1652 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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