+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ax2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of rat TOM20-ALDH presequence complex: a disulfide-tethered complex with a non-optimized, long linker | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Ethanol oxidation / cellular response to resveratrol / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / tRNA import into mitochondrion / Mitochondrial protein degradation / Smooth Muscle Contraction / regulation of response to oxidative stress / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / : ...Ethanol oxidation / cellular response to resveratrol / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / tRNA import into mitochondrion / Mitochondrial protein degradation / Smooth Muscle Contraction / regulation of response to oxidative stress / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / migrasome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / ethanol catabolic process / Ub-specific processing proteases / protein import into mitochondrial matrix / carboxylesterase activity / acetaldehyde metabolic process / NADH binding / behavioral response to ethanol / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / protein-transporting ATPase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial envelope / response to muscle activity / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to fatty acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / response to testosterone / apoptotic mitochondrial changes / response to hyperoxia / cellular response to hormone stimulus / sperm midpiece / liver development / cell periphery / response to ischemia / response to progesterone / intracellular protein transport / response to nicotine / response to organic cyclic compound / unfolded protein binding / response to estradiol / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saitoh, T. / Maita, Y. / Kohda, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic snapshots of tom20-mitochondrial presequence interactions with disulfide-stabilized peptides. 著者: Saitoh, T. / Igura, M. / Miyazaki, Y. / Ose, T. / Maita, N. / Kohda, D. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 60.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 498.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 502.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8022.181 Da / 分子数: 4 / 断片: CYTOSOLIC DOMAIN, UNP RESIDUES 59-126 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1536.782 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 12-20 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 % / Mosaicity: 0.472 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate pH4.6, 1M ammonium dihydrogen phospjate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, liquid nitrogen cooling プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 32765 / Num. obs: 32732 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 12.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 30.88 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1WT4 ![]() 1wt4 解像度: 1.9→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.295 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.31 Å2 / Biso mean: 24.7696 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
|