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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3av0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mre11-Rad50 bound to ATP S | ||||||
要素 | (DNA double-strand break repair ...) x 2 | ||||||
キーワード | RECOMBINATION / DNA repair / Calcineurin-like phosphoesterase / ABC transporter ATPase domain-like / DNA double-strand break repair / HerA-NurA complex / Nbs1 in eukaryotes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity ...DNA exonuclease activity / DNA end binding / Y-form DNA binding / 3'-5' exonuclease activity / double-strand break repair / manganese ion binding / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, H.S. / Kim, J.S. / Cho, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Mre11-Rad50-ATP S Complex: Understanding the Interplay between Mre11 and Rad50 著者: Lim, H.S. / Kim, J.S. / Park, Y.B. / Gwon, G.H. / Cho, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3av0.cif.gz | 169.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3av0.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3av0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3av0_validation.pdf.gz | 761 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3av0_full_validation.pdf.gz | 811.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3av0_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3av0_validation.cif.gz | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/3av0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/3av0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA double-strand break repair ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 45370.930 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease domain (UNP RESIDUES 1-313) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: rad50, MJ1322 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58719 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42389.930 Da / 分子数: 1 / 断片: ABC ATPase domain (UNP RESIDUES 1-190, 825-1005) / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of residues 1-190 and residues 825-1005 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: rad50, MJ1322 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58718 |
-非ポリマー , 6種, 30分子
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #6: 化合物 | ChemComp-AGS / | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 10 % PEG 3350, 0.1M ADA pH6.2, 0.1M Lithium sulfate, 2% iso-propanol, 5% Acetonitrile , 1mM ATP, 5mM magnessium chloride , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日 |
放射 | モノクロメーター: Si 4-channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 20290 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1II7, 3AUY 解像度: 3.1→29.318 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.401 Å2 / ksol: 0.291 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.318 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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