PDB-3ash: MamA D159K mutant 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ash

タイトル

MamA D159K mutant 1

要素

MamA

キーワード

PROTEIN BINDING / Tetratricopeptide repeats (TPR) containing protein / TPR protein / protein-protein interactions / MamA / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

magnetosome / magnetosome assembly / magnetosome membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.41 Å

データ登録者

Zeytuni, N. / Levin, M. / Davidov, G. / Zarivach, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Self-recognition mechanism of MamA, a magnetosome-associated TPR-containing protein, promotes complex assembly
著者: Zeytuni, N. / Ozyamak, E. / Ben-Harush, K. / Davidov, G. / Levin, M. / Gat, Y. / Moyal, T. / Brik, A. / Komeili, A. / Zarivach, R.

履歴

登録	2010年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年6月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ash.cif.gz	154.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ash.ent.gz	123.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ash.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ash_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ash_full_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示
XML形式データ	3ash_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	3ash_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/3ash ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/3ash	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3as4C 3as5SC 3as8C 3asdC 3asfC 3asgC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3asf-2 3as4-d 2q1e-2 1r23-d 1d7h-3 3w69-d 4fho-1 4gba-2 1eym-d 3hra-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: MamA

B: MamA

ヘテロ分子

41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MamA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MamA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.143, 77.477, 101.811
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	MamA / Tetratricopeptide-repeat protein 分子量: 20638.553 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 41-217 / 変異: D159K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア) 株: AMB-1 / 遺伝子: mam22, mamA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q50224, UniProt: Q2W8Q0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.28 % / Mosaicity: 0.389 °
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Ammonium sulfate, Glycerol, Tris, NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 23213 / Num. obs: 22006 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.949 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.44	8.6	0.468	1138	1.047	1	100
2.44-2.49	8.6	0.389	1138	1.023	1	100
2.49-2.53	8.6	0.33	1144	1.067	1	100
2.53-2.59	8.6	0.302	1132	1.02	1	100
2.59-2.64	8.6	0.264	1136	1.072	1	100
2.64-2.7	8.6	0.227	1133	1.145	1	100
2.7-2.77	8.6	0.203	1156	1.195	1	100
2.77-2.85	8.6	0.164	1147	1.349	1	100
2.85-2.93	8.6	0.141	1143	1.478	1	100
2.93-3.02	8.6	0.12	1135	1.51	1	100
3.02-3.13	8.5	0.104	1168	1.855	1	100
3.13-3.26	8.5	0.088	1144	2.079	1	100
3.26-3.41	8.4	0.084	1148	2.408	1	100
3.41-3.58	7.7	0.082	959	2.73	1	82.5
3.58-3.81	5.6	0.08	445	3.492	1	38.2
3.81-4.1	6.4	0.065	951	3.634	1	80.8
4.1-4.52	7.6	0.062	1162	3.961	1	100
4.52-5.17	7.6	0.059	1187	3.532	1	99.9
5.17-6.51	7.6	0.057	1191	2.927	1	100
6.51-40	7.1	0.05	1249	3.155	1	96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DNA		データ収集
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3AS5

3as5

解像度: 2.41→28.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / WR_factor R_free: 0.2129 / WR_factor R_work: 0.1846 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.05 / FOM work R set: 0.8715 / SU B: 10.868 / SU ML: 0.12 / SU R Cruickshank DPI: 0.2589 / SU R_free: 0.2016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2153	1122	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1835	-	-	-
obs	0.1851	21883	94.2 %	-
all	-	23213	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.09 Å² / B_iso mean: 41.575 Å² / B_iso min: 19.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.41→28.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2712	0	35	141	2888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.022	2806
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.832	1.973	3803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.024	3	4564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.839	5	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.857	24	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.334	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.134	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.966	1.5	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.265	1.5	701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.836	2	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.169	3	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.924	4.5	1056

LS精密化シェル

解像度: 2.412→2.475 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	95	-
R_work	0.214	1518	-
all	-	1613	-
obs	-	-	95.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.6942	-12.4844	5.3627	22.7058	-18.9225	19.4978	0.7231	0.6983	0.0181	-0.9505	0.2763	0.8171	0.6615	-0.8721	-0.9994	0.092	-0.0194	0.0318	0.1516	-0.002	0.1768	-13.8565	3.5215	-17.1331
2	4.5516	0.8167	-1.4976	3.1158	-1.9413	3.5663	0.0132	-0.2085	0.1109	0.3382	0.0214	0.1263	-0.0513	-0.4116	-0.0346	0.049	-0.026	0.0079	0.108	-0.0026	0.0588	-5.1032	-5.2187	-9.9223
3	13.1554	-0.8377	1.7759	5.1688	0.8611	11.2468	0.0778	0.6288	0.7034	-0.254	-0.2008	0.0605	-0.2799	-0.2338	0.1231	0.0186	0.0159	-0.0035	0.0951	0.0867	0.101	-0.6357	0.4558	-21.5391
4	2.7971	1.7298	-0.7479	1.8994	0.1149	1.4222	-0.1662	0.1914	-0.1128	-0.027	0.109	-0.088	-0.0372	-0.0578	0.0572	0.0442	-0.0128	0.0088	0.0533	0.0338	0.0713	4.7352	-8.3538	-17.0984
5	3.2261	-1.2638	0.9161	2.1137	-1.546	1.8824	-0.0806	0.1841	0.1006	0.0063	-0.0145	-0.0003	0.0113	0.067	0.0951	0.0697	-0.0057	0.0156	0.0216	0.0036	0.0626	15.3374	-5.9841	-12.7295
6	1.15	-0.8612	-0.3723	1.7298	-0.139	2.6082	-0.0741	-0.1076	-0.0042	0.0393	-0.1351	0.0248	-0.0939	0.1016	0.2092	0.0506	0.0147	0.0258	0.0569	0.0053	0.0698	20.7691	-9.0864	0.8686
7	1.1779	-1.3772	0.0874	4.4635	-2.4231	1.8944	-0.036	0.1164	0.1563	0.1112	-0.0461	-0.2635	-0.0534	-0.06	0.0821	0.0324	0.0148	-0.0062	0.0417	0.0462	0.0935	30.3162	-18.9318	6.2124
8	13.7506	0.4702	-6.9057	3.0334	-5.8215	13.8073	0.0484	-0.5235	-0.5655	0.1565	0.1979	0.2665	-0.3118	-0.1372	-0.2463	0.0515	0.0537	0.0413	0.0863	0.0615	0.0869	22.5076	-21.7433	13.3432
9	6.8976	1.2668	-4.2198	13.1592	-0.7705	12.3936	0.0328	-0.003	0.0595	-0.4047	0.0858	-0.476	-1.1662	0.0648	-0.1186	0.1487	-0.015	0.0168	0.0242	0.0021	0.1004	21.5135	32.0629	6.8156
10	3.002	-0.1409	-1.2262	2.3733	0.123	2.2588	0.0644	0.0181	-0.014	-0.0589	-0.018	-0.1223	-0.204	-0.0114	-0.0464	0.0681	0.0012	0.0489	0.008	-0.0033	0.0503	13.4572	22.2544	10.2461
11	6.48	-3.2	-2.6542	4.52	1.803	1.4189	0.1352	0.2792	-0.0902	-0.3583	-0.1816	0.1796	-0.1248	-0.0538	0.0464	0.0944	0.0044	0.0135	0.0322	-0.0115	0.0245	10.3324	12.1891	5.9058
12	8.5166	4.914	-1.6886	2.8734	-0.9821	2.8096	-0.0136	-0.2257	0.294	-0.0537	-0.0598	0.1534	-0.0796	0.119	0.0734	0.098	-0.0417	0.0146	0.093	-0.0236	0.0568	12.0246	6.8763	13.4134
13	1.132	0.8107	-0.1552	0.9192	-0.6423	3.053	-0.0372	-0.0571	0.0068	-0.0661	0.0178	0.0299	0.0503	0.0701	0.0194	0.0649	-0.0168	0.0307	0.0615	-0.0341	0.0587	9.8453	-2.4805	22.2207
14	2.4549	3.2699	-0.0928	5.49	0.6881	2.0214	0.0045	-0.1334	-0.0474	-0.1234	-0.0558	-0.0007	-0.041	-0.0207	0.0513	0.0643	-0.031	0.0474	0.0333	-0.0064	0.0664	1.2643	-10.3811	31.1548
15	7.2814	8.4964	-2.9952	30.0812	10.6157	11.1053	0.5545	-0.783	0.2977	0.8397	-0.5781	0.5704	-0.1026	0.5622	0.0236	0.095	-0.0859	0.0998	0.1066	-0.0713	0.126	-1.186	-3.9085	39.2833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	41 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	82 - 106
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	107 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	137 - 184
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	185 - 203
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	204 - 212
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	41 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	51 - 91
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	92 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	112 - 127
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	128 - 181
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	182 - 204
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	205 - 212

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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