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- PDB-3aqo: Structure and function of a membrane component SecDF that enhance... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3aqo
タイトルStructure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export
要素Probable SecDF protein-export membrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PERIPLASMIC DOMAIN / SECDF / SEC / TRANSLOCON / CELL MEMBRANE / MEMBRANE / PROTEIN TRANSPORT / TRANSLOCATION / TRANSMEMBRANE / TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular protein transmembrane transport / protein transport by the Sec complex / protein-transporting ATPase activity / protein targeting / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3400 / Gyrase A; domain 2 - #200 / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / : / : / : ...Alpha-Beta Plaits - #3400 / Gyrase A; domain 2 - #200 / Protein-export membrane protein SecF, bacterial / Protein translocase subunit SecD / Protein-export membrane protein SecD/SecF, bacterial / Protein-export membrane protein SecD/SecF/SecDF, conserved site / Protein-export membrane protein SecD/SecF, archaeal and bacterial / : / : / : / : / Protein export membrane protein SecD/SecF, C-terminal / SecD/SecF GG Motif / Protein translocase subunit SecDF, P1 domain, N-terminal / SecDF, P1 head subdomain / Sterol-sensing domain / Gyrase A; domain 2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecDF
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Echizen, Y. / Tsukazaki, T. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure and function of a membrane component SecDF that enhances protein export.
著者: Tsukazaki, T. / Mori, H. / Echizen, Y. / Ishitani, R. / Fukai, S. / Tanaka, T. / Perederina, A. / Vassylyev, D.G. / Kohno, T. / Maturana, A.D. / Ito, K. / Nureki, O.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction of SecDF, a translocon-associated membrane protein, from Thermus thermophilus.
著者: Tsukazaki, T. / Mori, H. / Fukai, S. / Numata, T. / Perederina, A. / Adachi, H. / Matsumura, H. / Takano, K. / Murakami, S. / Inoue, T. / Mori, Y. / Sasaki, T. / Vassylyev, D.G. / Nureki, O. / Ito, K.
履歴
登録2010年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable SecDF protein-export membrane protein
B: Probable SecDF protein-export membrane protein
C: Probable SecDF protein-export membrane protein
D: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2064
ポリマ－99,2064
非ポリマー00
水1,72996
1
A: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8011
ポリマ－24,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8011
ポリマ－24,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8011
ポリマ－24,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8011
ポリマ－24,8011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.041, 35.829, 181.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Probable SecDF protein-export membrane protein


分子量: 24801.479 Da / 分子数: 4 / 断片: SecDF P1 domain (UNP RESIDUES 35-263) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: secDF, TTHA0697 / プラスミド: PET-26B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5SKE6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 18% PEG 3350, 0.6M Sodium thiocyanate, 3% trehalose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU10.97942
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A20.97923, 0.97931, 0.98319, 0.96408
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年10月3日
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979421
20.979231
30.979311
40.983191
50.964081
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 24792

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→36.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 28.174 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.42 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1341 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.226 24792 86.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.683 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.03 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→36.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6764 0 0 96 6860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226832
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3142.0049256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7375880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54524.474304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.943151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2961572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.54396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.85527100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28232436
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2994.52156
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 64 -
Rwork0.259 1344 -
obs--64.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5636-0.57752.43842.5015-0.10846.16020.21640.2983-0.2446-0.1190.0690.12140.5905-0.1483-0.28540.1914-0.0908-0.0470.08460.00440.026417.39761.0338-30.1869
21.3598-0.23160.56832.36360.03321.2336-0.0285-0.0033-0.0208-0.11490.02060.1467-0.0235-0.05320.00790.0755-0.02530.00180.0690.00650.073225.26289.1083-6.543
34.3023-0.27672.73082.95510.11226.33910.0559-0.1873-0.17820.12410.0810.0610.08810.0009-0.13690.08560.033-0.02440.04310.01060.0235-61.3424-8.0499-52.9603
41.26780.11120.2522.47030.12031.27290.0256-0.0579-0.05560.0938-0.0058-0.1426-0.03710.0605-0.01980.06860.0222-0.00780.06620.00240.0737-69.306-0.1868-76.6188
59.93143.3525-1.66385.42273.09177.80590.03050.76810.15570.13510.184-0.2750.1756-0.1889-0.21450.0582-0.08650.00310.20220.00050.0314-6.86648.2516-37.1362
61.5204-0.00810.43573.1691-0.90682.0264-0.20850.0947-0.0099-0.29020.3482-0.12560.13090.0124-0.13970.0815-0.06180.01690.1272-0.01540.0466-21.6706-0.297-17.7159
78.0759-1.72550.62955.9503-3.17288.24770.2619-0.32930.0868-0.2477-0.32620.15280.27590.09830.06430.0633-0.00210.03990.0455-0.02130.0447-37.1139-1.3767-45.9904
81.0411-0.13960.34172.70011.37352.3593-0.1886-0.07540.00830.33810.34210.23870.22930.1418-0.15350.09080.06770.00890.13050.03030.0785-22.3666-9.6965-65.4732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 110
2X-RAY DIFFRACTION1A250 - 262
3X-RAY DIFFRACTION2A111 - 249
4X-RAY DIFFRACTION3B43 - 110
5X-RAY DIFFRACTION3B250 - 262
6X-RAY DIFFRACTION4B111 - 249
7X-RAY DIFFRACTION5C41 - 110
8X-RAY DIFFRACTION5C250 - 262
9X-RAY DIFFRACTION6C111 - 249
10X-RAY DIFFRACTION7D42 - 110
11X-RAY DIFFRACTION7D250 - 262
12X-RAY DIFFRACTION8D111 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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